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标题: 对于染料体系，ONIOM缺力场参数可以完全基于hessian拟合吗 [打印本页]

作者
Author: wal 时间: 2025-5-15 11:34
标题: 对于染料体系，ONIOM缺力场参数可以完全基于hessian拟合吗
本帖最后由 wal 于 2025-5-15 11:38 编辑

如题。想带着BODIPY，Rhodamine等染料跑ONIOM，搞下来总是缺一堆参数，此时小分子完全使用sobtop基于hessian拟合的参数合适吗？还是说尽量先用amber、GAFF里带的。
不是不想用现成的，实在是缺的太多。。
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这个抉择影响接下来我怎么捣鼓转换工具() 如果完全推倒重来的话脚本转换会方便很多，就是不知道会不会引起什么问题

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-16 06:47
sobtop基于Hessian产生的是谐振势力常数，对刚性的项可以这么获得参数。但如果是可旋转二面角，并且计算过程还需要描述可旋转性，那需要自己找参数或者自己拟合

作者
Author: wal 时间: 2025-5-16 09:41

sobereva 发表于 2025-5-16 06:47
sobtop基于Hessian产生的是谐振势力常数，对刚性的项可以这么获得参数。但如果是可旋转二面角，并且计算过 ...

好的，了解啦～谢谢老师
还有个问题想问下，sobtop指认的原子类型好像与gaussview辨认的不完全一致，这样我转录的时候是需要遵循sobtop指认的，还是gaussview指认的，还是可以自定义，只要原子类型与读取的参数项保持一致就行？
也即：指认的原子类型除了用于匹配lj势参数、力常数以外，还有别的含义吗？程序会不会对一些特殊组合做特别处理？

作者
Author: wal 时间: 2025-5-16 21:43

sobereva 发表于 2025-5-16 06:47
sobtop基于Hessian产生的是谐振势力常数，对刚性的项可以这么获得参数。但如果是可旋转二面角，并且计算过 ...

老师我还有一个问题。谐振拟合的二面角参数，没有相位，也没有NPaths；而Gaussian二面角参数输入的时候似乎只有傅里叶形式的，在手册上没找到谐振形式的二面角参数输入方式。这样的话我使用AmbTrs输入二面角参数的时候，相位与NPaths如何确定呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-17 05:37

wal 发表于 2025-5-16 09:41
好的，了解啦～谢谢老师
还有个问题想问下，sobtop指认的原子类型好像与gaussview辨认的不完全一致，这 ...

如果你是指gview指认的AMBER原子类型，sobtop指认的大概率更合理。可以照着原子类型的定义逐一检查

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-17 05:43

wal 发表于 2025-5-16 21:43
老师我还有一个问题。谐振拟合的二面角参数，没有相位，也没有NPaths；而Gaussian二面角参数输入的时候似 ...

sobtop基于Hessian得到的谐振势是直接算出来的，不是拟合出来的
没有谐振的二面角形式就只能通过拟合，让周期性扭转势在极小点处的二阶导数和谐振势的尽量一致

作者
Author: wal 时间: 2025-5-17 13:09
本帖最后由 wal 于 2025-5-17 18:05 编辑

sobereva 发表于 2025-5-17 05:43
sobtop基于Hessian得到的谐振势是直接算出来的，不是拟合出来的
没有谐振的二面角形式就只能通过拟合， ...

好的，谢谢老师。再问一下，如果这个键本身可旋转(没有Improper torsion项)，只拟合极小点处的行为是不是不太够

这样的话还有没有什么别的替代的办法嘛
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2.上午又仔细看了一下手册，发现在最后有一个类似谐振势的二面角参数选项，只是是用Wilson角定义的。我把谐振势的力常数除以3(三个角)，然后用这个来输入的话是不是比拟合傅里叶势更合适呢？
HrmWil1: Harmonic Wilson angle I (MMFF94 6): (ForceC/2)*(θ2) summed over all 3 Wilson angles θ

3.我尝试了一下，即使amber=softonly不给任何二面角参数，程序也不问我要，这种情况下是当作所有二面角都能转处理的嘛？

4.拟合可旋转二面角的时候，先Gaussian算个刚性扫描曲线，力场能量曲线的话可以也用Gaussian算嘛？我主要在担心一部分二面角用自定义的参数或者没有参数的话会不会有影响

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-17 22:26

wal 发表于 2025-5-17 13:09
好的，谢谢老师。再问一下，如果这个键本身可旋转(没有Improper torsion项)，只拟合极小点处的行为是不是 ...

1 当前拟合还可以，拟合谐振势也就只能如此了

2 没试过，不知道

3 你没给参数，应该就是都当成0了，随便旋转，和实际也不符，可能会严重变形

4 可以

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