计算化学公社

标题: 关于构建P450-HEM复合物体系所出现的系列问题 [打印本页]

作者
Author: 我爱记歌词 时间: 2025-5-15 12:37
标题: 关于构建P450-HEM复合物体系所出现的系列问题
目前我做的课题是：P450解毒酶-杀虫剂互作分子机制；我的问题如下：
1.首先在我使用alphafold3构建完整体模型；并运行gromacs模拟的步骤中；并没有发生报错；也顺利运行了50ns进行初步模型模拟。
2.在后续阅读文献的中；我发现所使用的体系为P450-cpdⅠ（这里的cpdⅠ为血红素加上氧原子）；在第一步hem加上氧我就开始犯难了（这里可以指导一下使用什么软件；我试了pymol、vmd，应该是我学艺不精操作一直不成功。）
而在构建完cpdⅠ之后；文献中使用的是amber；antechamber等等程序；是否有其他的软件/操作步骤可以代替？我看文献主要是有两种方式操作；1）将构建完成的cpdⅠ以及相连的cys视为一个整体；运行Gaussian；得出后续所用配体力场参数、原子电荷的获得、rtp文件和itp文件的准备；再去运行gromacs。2）全程使用amber根据已经发表的血红素力场参数去进行gromacs模拟。上述方式一样吗？希望曾经做过p450解毒酶的各位同仁能赐教；如果我在提问中有没有表述清楚的地方，也请大家能够提出意见；希望大家能够多多讨论；每一句话都会对我产生帮助！感谢！

作者
Author: Loading0760 时间: 2025-5-15 13:10
2. 这里加氧就用pymol就行,他里面的Builder功能更方便的,不过加完之后你应该是要打开pdb文件把这个O放到血红素合成一个整体吧.
3. 这里的问题本质上就是非标准残基的力场参数如何构建,如果你构建好了就可以用GROMACS直接跑md了.我之前跑的胆绿素和CYS的用的就是你提到的第一个方法.
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

作者
Author: TretopL 时间: 2025-5-15 13:32
amber是免费程序...

作者
Author: 我爱记歌词 时间: 2025-5-15 14:46

TretopL 发表于 2025-5-15 13:32
amber是免费程序...

欸；不要意思；ambertools是免费的但是Amber不是商用的吗？不好意思；这些内容我确实不知道

作者
Author: student0618 时间: 2025-5-15 16:08
本帖最后由 student0618 于 2025-5-15 16:10 编辑

2023年开始学术免费了
而且Ambertools和Amber只差一个pmemd，只有Ambertools也不影响建模。

作者
Author: 我爱记歌词 时间: 2025-5-15 17:58

student0618 发表于 2025-5-15 16:08
2023年开始学术免费了
而且Ambertools和Amber只差一个pmemd，只有Ambertools也不影响建模。

好的！我去了解一下更新后的！感谢

作者
Author: 我爱记歌词 时间: 2025-5-15 22:20

Loading0760 发表于 2025-5-15 13:10
2. 这里加氧就用pymol就行,他里面的Builder功能更方便的,不过加完之后你应该是要打开pdb文件把这个O放到血 ...

好的！明天我试一试，感谢。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-5-16 10:03
提醒：千万不要用mcpb.py 傻逼程序谁用谁傻逼
建立top用sobtop转amber就行

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)