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标题: 求助：环肽构象的提取问题 [打印本页]

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Author: oillio 时间: 2025-5-15 15:22
标题: 求助：环肽构象的提取问题
各位老师好，我在Gromacs中模拟了一段环肽在溶剂中的轨迹，想请教一下如何才能将采集到的主要构象提取出来？是需要利用gmx cluster命令吗？感谢老师解答。

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Author: sobereva 时间: 2025-5-16 06:30
如果你想获得MD过程中有代表性的构象，gmx cluster可以

作者
Author: oillio 时间: 2025-5-28 09:18
老师，请问在跑平衡相时，跑NPT前需不需要跑一段NVT？我看有的文献这样做了，但培训班又说没有特殊目的一律不要用NVT，感谢老师解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-28 09:27

oillio 发表于 2025-5-28 09:18
老师，请问在跑平衡相时，跑NPT前需不需要跑一段NVT？我看有的文献这样做了，但培训班又说没有特殊目的一律 ...

通常都不用，绝大多数文献先做NVT都是多余的

作者
Author: oillio 时间: 2025-6-4 20:39

sobereva 发表于 2025-5-16 06:30
如果你想获得MD过程中有代表性的构象，gmx cluster可以

老师，请问利用教材里的gromos算法进行环肽的构象提取恰当吗？或者更推荐cluster命令中的哪种其他算法？

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Author: sobereva 时间: 2025-6-5 00:30

oillio 发表于 2025-6-4 20:39
老师，请问利用教材里的gromos算法进行环肽的构象提取恰当吗？或者更推荐cluster命令中的哪种其他算法？

恰当

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