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标题: LAMMPS做GCMC吸水求助 [打印本页]

作者
Author: LRX-lrx 时间: 2025-5-15 15:45
标题: LAMMPS做GCMC吸水求助
各位老师好，我目前在用lammps软件建造水化硅酸钙（CSH）模型，当前在GCMC吸水部分出现了问题，他一直在报错ERROR: All bond coeffs are not set (src/bond.cpp:84)，我有点解决不了了，所以想请教一下各位老师，请大家指点一下，谢谢大家了
附页中是我的数据文件和日志文件，下面是我写的一个in文件：#C-S-H model
units                      real
dimension          3
boundary             p p p
atom_style             full
neighbor          2.0 nsq
neigh_modify       every 1 delay 0 check yes

pair_style       lj/cut/coul/long 10.0
pair_modify       mix arithmetic
bond_style       harmonic
angle_style       harmonic
dihedral_style    harmonic
kspace_style       ewald 0.0001

read_data          C-S-H-1.7.data  extra/atom/types 2  extra/bond/types 4 extra/angle/types 2
molecule          155 H2O.txt

mass             1  40.080000 # cah
mass             2  28.085500 # st
mass             3  15.999400 # ob
mass             4 15.999  # OW
mass             5 1.008 # HW

pair_coeff       4  4  0.1554000 3.16557    28.0 # OW
pair_coeff       5  5  0.00000e+00  0.00000e+00  28.0 # HW

group kln type 1:3
group water type 4:5
group molwater  molecule 155

fix shakew water shake 0.0001 20 5 b 1 a 1 mol 155
neigh_modify exclude group kln kln
compute_modify thermo_temp dynamic yes
thermo 100
fix 1 kln setforce 0.0 0.0 0.0

fix 2 molwater gcmc 10 1000 1000  0 2949499 300.0 -0.5 0.5 mol 155  maxangle 180 full_energy
thermo_style  custom step atoms temp press pe ke etotal density
run 300000

作者
Author: 补药做分子 时间: 2025-6-20 17:44
你水分子的bond coeffs没有设置

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