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标题: 已解决_求助：我不能理解苯胺几何优化计算结果的几何结构 [打印本页]

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-15 21:28
标题: 已解决_求助：我不能理解苯胺几何优化计算结果的几何结构
本帖最后由 Piggy2907 于 2025-5-23 13:55 编辑

软件版本：Gaussian 16, Revision A.03
计算级别： B3LYP/6-311+G(d,p) em=GD3BJ
计算任务：Opt+Freq
计算对象：苯胺
我的疑问：按我的理解，氮原子上的孤电子应该平行于大π键，但是算出来发现孤电子基本上垂直于大π键（如下图），是为什么呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-5-15 21:33
提高计算的级别再看一下。这几个构象的能量差距很小。另外可以做一下构象搜索看一下。

作者
Author: wal 时间: 2025-5-15 22:14
看看有虚频没有
如果没虚频，那就是个局域极小点，并非全局极小点

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-15 22:25

wal 发表于 2025-5-15 22:14
看看有虚频没有
如果没虚频，那就是个局域极小点，并非全局极小点

如何得到全局极小点呢？

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-5-15 22:35

Piggy2907 发表于 2025-5-15 22:25
如何得到全局极小点呢？

构象搜索或者跑分子动力学

作者
Author: wal 时间: 2025-5-15 22:39

Piggy2907 发表于 2025-5-15 22:25
如何得到全局极小点呢？

构象搜索

作者
Author: 玉米猫 时间: 2025-5-15 22:48
这种刚性小分子还不至于刚性搜索。把C-N键中心的二面角调一下重新优化，比较一下能量就行了。

作者
Author: commanderwilson 时间: 2025-5-15 23:24
你这个包有问题的，而且我怀疑应该是B3LYP泛函的问题，要么就是你的计算有问题，你最好把输入和输出文件都贴出来，参考我用ORCA在wB97X-D4/def2-TZVP级别下计算的结果，可以看到按照你那个结构来是有一个虚频的，这个虚频刚好还对应氨基的转动，因此你那个结构必然不可能是全局极小值点： (, 下载次数 Times of downloads: 29)
我试了一下用manual displacement处理了一下氨基的角度，然后重新在同一个级别下做了优化，得到这样的结构,没有虚频： (, 下载次数 Times of downloads: 32)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-16 06:35
优化之前要把NH2转成接近和苯环平行的结构。把初始结构摆得尽可能符合常识

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-16 10:46
好的，感谢各位大佬，我使用二面角扫描解决问题了

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-5-16 18:01
可能是因为你初始结构就有 Cs 对称性（苯环为镜面），导致优化过程中这种对称性一直没法被破坏。

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-17 10:08

北大-陶豫发表于 2025-5-16 18:01
可能是因为你初始结构就有 Cs 对称性（苯环为镜面），导致优化过程中这种对称性一直没法被破坏。

没有的，我在计算之前降低了对称性的

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-17 10:14

sobereva 发表于 2025-5-16 06:35
优化之前要把NH2转成接近和苯环平行的结构。把初始结构摆得尽可能符合常识

好的，感谢！
我还想请问一下如何用量化计算说明苯胺，苯酚等分子上上羟基、氨基的邻对位定位效应？
我尝试从原子电荷和电子密度的角度理解了，但是还是没有想明白

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-5-17 10:32

Piggy2907 发表于 2025-5-17 10:14
好的，感谢！
我还想请问一下如何用量化计算说明苯胺，苯酚等分子上上羟基、氨基的邻对位定位效应？
我 ...

通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点 http://sobereva.com/533

作者
Author: Piggy2907 时间: 2025-5-17 10:48

sobereva 发表于 2025-5-16 06:35
优化之前要把NH2转成接近和苯环平行的结构。把初始结构摆得尽可能符合常识

不用了，我找到http://sobereva.com/159了，谢谢！

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