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标题: 画的成环结构优化后环打开了还能进行下一步么 [打印本页]

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Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-16 10:09
标题: 画的成环结构优化后环打开了还能进行下一步么
本帖最后由牛肉和萝卜秧子于 2025-5-16 10:29 编辑

大佬们好，我想提个问题，这是我一个前辈就是按照图片里这个结构画的结构，做的优化（有一些基团简化了）。然后我看图片里的结构都是闭环，然后前辈优化出来的环是打开的，然后问他他说环断开的地方没有生成氢，所以环还是默认存在的，这是对的么？我一直认为环没有键就相当于开环了，还能在这个前辈的基础上改变结构么？还是需要·重新画呀？

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-16 10:11
啊！一个误触标题没说完就发出去了，没找到删除的地方！

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-5-16 10:17
他说的对

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-5-16 10:20
帖子左下角有个“编辑”按钮可以修改标题与正文内容。

关于成键问题看http://sobereva.com/414第1节，GaussView不显示键不代表量子化学计算后两个原子没有成键的相互作用。但是两个六元环的具体构象，以及各个基团是在直立ax位还是平伏eq位，还是要注意的。

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-16 10:30

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-5-16 10:20
帖子左下角有个“编辑”按钮可以修改标题与正文内容。

关于成键问题看http://sobereva.com/414第1节，Ga ...

好哒

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-16 10:38

18217265596 发表于 2025-5-16 10:17
他说的对

前辈，请问一下为什么呀？主要不知道这种情况以后怎么判断，不成环的话，下一步我需要让化合物成环，直接填一根单键可以么

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-5-16 10:46

牛肉和萝卜秧子发表于 2025-5-16 10:38
前辈，请问一下为什么呀？主要不知道这种情况以后怎么判断，不成环的话，下一步我需要让化合物成环，直接 ...

无非就是你这结构里那两个碳原子和氧原子的距离稍微大了点，超过GaussView的成键判据而已，仔细看上面我链接的文章。不知道你说的“让化合物成环”是指构建有环的初始结构，还是找成环反应过渡态。

其实这个简单的结构不用其他工具就能直接在GaussView里面搭出来，Ring Fragment里面的trans-Decalin直接就有骨架了，在这基础上修改原子添加基团就行，肯定没有显示不出键的问题。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-5-16 10:46

牛肉和萝卜秧子发表于 2025-5-16 10:38
前辈，请问一下为什么呀？主要不知道这种情况以后怎么判断，不成环的话，下一步我需要让化合物成环，直接 ...

是否存在价键靠几何关系而不是可视化

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-16 11:14

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-5-16 10:46
无非就是你这结构里那两个碳原子和氧原子的距离稍微大了点，超过GaussView的成键判据而已，仔细看上面我 ...

前辈刚才去看了您说的这篇文章和一些资料，就是能量计算与可视化软件键的显示关系不大，只要摆放合理就可以了，与能量计算更多有关的因素是电子结构，泛函基组，溶剂的选择等。但是看到这儿我还有个疑问就是电子结构摆放合理的话不就是会键长键角什么的显示合理么

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-16 11:20

18217265596 发表于 2025-5-16 10:46
是否存在价键靠几何关系而不是可视化

前辈我刚才去查了一下，确实查到靠的是电子结构合理而不是可视化的键来显示，那我浅显的理解电子结构等同于合理的键长键角显示是不对的理解，那请问前辈，我该如何判断合理的几何关系

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-5-16 11:51

牛肉和萝卜秧子发表于 2025-5-16 11:20
前辈我刚才去查了一下，确实查到靠的是电子结构合理而不是可视化的键来显示，那我浅显的理解电子结构等同 ...

键长在合理的范围内优化后自然是有键的

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-5-16 11:53

牛肉和萝卜秧子发表于 2025-5-16 11:20
前辈我刚才去查了一下，确实查到靠的是电子结构合理而不是可视化的键来显示，那我浅显的理解电子结构等同 ...

可视化软件比如GaussView一般是用统计结果来判断是否成键，但是奇葩分子的几何关系是有可能落在统计结果外面的。只要算出来电子结构没大问题（波函数稳定性检查一下），展示的几何关系是怎么样就是怎么样，不需要关心可视化的结果。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-5-16 12:47
醛基的alpha位和下面的一个碳上少画了氢。
一个一个原子地检查氢的数目，确定氢的数目一个不多、一个不少，位置一个都没画错，再重新计算

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-16 14:13

tonganlhy 发表于 2025-5-16 11:53
可视化软件比如GaussView一般是用统计结果来判断是否成键，但是奇葩分子的几何关系是有可能落在统计结果 ...

请问前辈，波函数稳定性就是指在优化出的结果不存在虚频么

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-5-16 14:25

牛肉和萝卜秧子发表于 2025-5-16 14:13
请问前辈，波函数稳定性就是指在优化出的结果不存在虚频么

虚频是一个方面，波函数稳定是另一个方面。都要检查。从上面各位大佬的回帖来看，你还是先把结构搞对再说吧。

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-16 14:32

wzkchem5 发表于 2025-5-16 12:47
醛基的alpha位和下面的一个碳上少画了氢。
一个一个原子地检查氢的数目，确定氢的数目一个不多、一个不少 ...

好的前辈我去重新画图了

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-16 14:35

wzkchem5 发表于 2025-5-16 12:47
醛基的alpha位和下面的一个碳上少画了氢。
一个一个原子地检查氢的数目，确定氢的数目一个不多、一个不少 ...

好的前辈，我觉得改这个还不如我好好把结构重新画一下

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