各位老师好，我根据Amber中得到的NPT系综下100ns的膜蛋白cMD结果，将其转化为pdb并生成拓扑坐标文件，然后组合为_amber.pdb，在NAMD2.12b上线进行最小化平衡，最后使用SMD。但我之前曾在以下条件下进行牵引，发现记录的轨迹.dcd文件第一帧配体基本很少稳定在结合位点（要么是往蛋白深处凹陷，要么是配体往外脱离位点，最近得到的结果中，轨迹文件第一帧配体正常，但后续未牵引出来），但查看之前的平衡结果，发现是正常结合的。目前我只能推测出在牵引过程中出现问题，但不明白需要调整哪些方面。
其中rest.ref是在Occupancy列，标记结合配体周围12埃残基的主链原子（值：5），smd.ref也是O列标记的配体重原子。
这里是smd部分输入参数和restrain.in： (, 下载次数 Times of downloads: 26)