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标题: 适用于GROMACS的AMBER19SB力场分享 [打印本页]

作者
Author: Dempey 时间: 2025-5-16 20:59
标题: 适用于GROMACS的AMBER19SB力场分享
本帖最后由 Dempey 于 2025-5-16 21:40 编辑

适用于GROMACS的AMBER19SB力场分享

GROMACS 2025版本一个特性就是支持了按残基匹配CMAP项（见GROMACS Release Note），这就可以支持AMBER19SB了，故本人尝试制作了一个AMBER19SB，其中DNA力场使用AMBER25推荐的OL24，RNA力场使用OL3，内置了三种水模型——OPC、OPC3、TIP4P-ice，并加入了Merz参数化的一系列离子的参数（OPC、OPC3）。现在分享给大家，有问题反馈给我，持续更新。

一些碎碎念：

1. 使用AMBER19SB力场就需配套使用OPC水，想减小水的开销就用OPC3水，尽量不要使用TIP3P。

As a result, we strongly recommend using ff19SB with OPC, and we recommend against use with TIP3P.

2. AMBER19SB力场的键参数同AMBER14SB一样，缺失了组氨酸的两个参数，已经补全在本力场中了。
3. 力场包中ions.itp中是适用于OPC水的离子参数，ions_opc3.itp是适用于OPC3水的参数，可以非常方便的切换；但这两个文件中并没有写全全部离子，可以查看ffnonbonded.itp中的离子种类自行添加。
4. 后续有时间会尝试加入GLYCAM_06j和lipid21的参数，但这两个工作量有点大

。
5. 如有大家在使用时发现问题请一定要反馈给我。

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作者
Author: zsu007 时间: 2025-5-17 10:26
谢谢楼主的分享

作者
Author: 那年冬天风在吹 时间: 2025-5-31 09:53
牛的

作者
Author: DS医学生 时间: 2025-5-31 10:06
感谢楼主分享，好人一生平安

作者
Author: beyond 时间: 2025-6-5 22:55
做力场格式转化，工作量很大！
不过力场格式转化之后，后期还需要做严格的验证。。。

记得Gromacs的官网上面，上面挂了很多转化的力场，由于缺少严格的验证，或者背书，
也都没有得到广泛的应用。。。

另外，如今acpype以及parmed都可以用来把amber的力场转变为gromacs的格式。。。
charmm-gui也支持使用amber 19SB的力场。。。

作者
Author: Dempey 时间: 2025-6-6 09:02
本帖最后由 Dempey 于 2025-6-6 09:21 编辑

beyond 发表于 2025-6-5 22:55
做力场格式转化，工作量很大！
不过力场格式转化之后，后期还需要做严格的验证。。。

是的，现在格式转换很方便，我比较熟悉tleap+parmed，但是我发现可能有点小问题，也有可能是我操作不对：
1. 用tleap生成一个肽链：

source leaprc.protein.ff19SB
a = sequence {ACE ALA VAL LEU NME}
saveamberparm a a.prmtop a.inpcrd
quit

复制代码

2. 用pamred转换成GROMACS的top：

import parmed as pmd
top = pmd.load_file('a.prmtop', 'a.inpcrd')
top.save('a.top')

复制代码

查看a.top，发现cmaptypes字段只有一种CMAP类型，这里记录的是ALA的cmap参数，而这段肽链应该含有3个CMAP类型，虽然后面的cmap字段里出现了3个，但是都用top中的同一个cmap参数很显然不合理。

我也试了一下acpype：

acpype -x a.inpcrd -p a.prmtop

复制代码

查看生成的a_GMX.top中甚至没有出现cmaptypes和cmap字段

作者
Author: beyond 时间: 2025-6-6 20:44

Dempey 发表于 2025-6-6 09:02
是的，现在格式转换很方便，我比较熟悉tleap+parmed，但是我发现可能有点小问题，也有可能是我操作不对： ...

看来是我想简单了，以为parmed或者acpype都能够正确的转化Amber ff19SB的格式呢。。。

作者
Author: proszx 时间: 2025-6-8 19:45
19SB相对14SB的优势到现在为止都没看到显著的报道

作者
Author: fhh2626 时间: 2025-6-10 11:32
看具体的问题，比如GAFF、lipid21都是在TIP3P的环境下拟合的，和这些联用的情况下OPC就不一定比TIP3P好，使用OPC3就更不合适了

作者
Author: SPHK1 时间: 2025-6-29 15:27
我在对含有Mg2+的蛋白质生成拓扑时，发现这个力场下Gmx不能识别出镁离子

作者
Author: Dempey 时间: 2025-6-29 16:25

SPHK1 发表于 2025-6-29 15:27
我在对含有Mg2+的蛋白质生成拓扑时，发现这个力场下Gmx不能识别出镁离子

是的，我没把离子和水写进rtp里，你可以自己补充或在pdb2gmx得时候去掉Mg离子，生成拓扑后手动加入。

另2020.6-MODIFIED支持残基分辨的CMAP吗，我不知道modified了什么

作者
Author: SPHK1 时间: 2025-6-29 17:25

Dempey 发表于 2025-6-29 16:25
是的，我没把离子和水写进rtp里，你可以自己补充或在pdb2gmx得时候去掉Mg离子，生成拓扑后手动加入。

...

原来如此，怪我没看仔细

CAMP我没接触过，不敢瞎说；modifide是软件名的后缀，这个modified版本是sob老师编译的windows版本

作者
Author: SPHK1 时间: 2025-6-29 17:39
你好，我还想再请教一下。我在19sb的ffnonbonded.itp和ions.itp中发现有镁离子的信息，为啥蛋白离子复合物就识别不出呢？
图片分别是ffnonbonded.itp和ions.itp文件中镁离子信息的截图

作者
Author: Dempey 时间: 2025-6-29 17:57

SPHK1 发表于 2025-6-29 17:39
你好，我还想再请教一下。我在19sb的ffnonbonded.itp和ions.itp中发现有镁离子的信息，为啥蛋白离子复合物 ...

需要你在任何一个rtp文件里加入

[ MG ]
[ atoms ]
MG MG 2.00000 1

复制代码

作者
Author: 杨淋锋 时间: 2025-7-26 17:00
请问gmx grompp 报错“ERROR 1 [file cmap.itp, line 60]: Unknown atomtype C-*”？

作者
Author: Dempey 时间: 2025-7-26 19:20

杨淋锋发表于 2025-7-26 17:00
请问gmx grompp 报错“ERROR 1 [file cmap.itp, line 60]: Unknown atomtype C-*”？

你用的GROMACS版本是2025.1及更高版本吗

作者
Author: 杨淋锋 时间: 2025-7-26 21:47
本帖最后由杨淋锋于 2025-7-28 09:27 编辑

Dempey 发表于 2025-7-26 19:20
你用的GROMACS版本是2025.1及更高版本吗

不是，2023.5

作者
Author: Dempey 时间: 2025-7-26 22:55

杨淋锋发表于 2025-7-26 21:47
是的，2023.5

2023.5不行哦，得2025.1或2025.2,或者可以用适用于Gromacs2025之前版本的Amber19SB力场及其配套相关力场中提供的力场文件

作者
Author: 杨淋锋 时间: 2025-7-28 09:27

Dempey 发表于 2025-7-26 22:55
2023.5不行哦，得2025.1或2025.2,或者可以用适用于Gromacs2025之前版本的Amber19SB力场及其配套相关力场 ...

好的，感谢

作者
Author: youknowdcf 时间: 2025-7-30 08:58
感谢

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