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标题: 关于限制性MD的一些小问题 [打印本页]

作者
Author: wang011127 时间: 2025-5-17 01:42
标题: 关于限制性MD的一些小问题
本帖最后由 wang011127 于 2025-5-17 02:04 编辑

最近尝试用GMX做一些蛋白体系的模拟，个人做的是酶催化相关体系，体系中有一个蛋白和两个配体，其中一个是我的底物，另外一个是辅因子，我希望设置两个限制性条件，其一为底物和辅因子之间两个会发生反应的原子的距离，其二为底物和蛋白残基形成的一个关键性氢键，请问如何进行设置以限制这两个距离呢？我在论坛内查询看到有朋友使用[bond] 或者 [distance_restraints]进行设置，但还是不大清楚怎么操作，不知道在top文件和mdp文件中加入什么信息，第一次尝试，还烦请大家不吝赐教，感谢！下面是我在做EM前的top和mdp文件

topol.top
; Include forcefield parameters
#include "amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp"

[ atomtypes ]

; Include SUB topology
#include "SUB.itp"

; Include NDP topology
#include "NDP_2_AV.itp"

[ moleculetype ]
; Name          nrexcl
Protein_chain_X    3

[ atoms ]

[ bonds ]

[ pairs ]

[ angles ]

[ dihedrals ]

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "amber14sb_parmbsc1.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

; Include topology for ions
#include "amber14sb_parmbsc1.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound       #mols
Protein_chain_X    1
SUB                1
NDP                1
SOL    12122
NA             35
CL             26

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-17 07:20
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片说得很清楚了
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作者
Author: wang011127 时间: 2025-5-30 17:16

sobereva 发表于 2025-5-17 07:20
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片说得很清楚了

感谢社长回复，我还有一个小问题，我在vmd中查看了我希望限制的两组原子的序号（在vmd图形界面摁“0”然后点击特定原子，在命令行中查看index），我希望把他们限制在2A内（在做EM前gro文件中两个距离分别为3.0A和3.1A），我在top文件后添加了以下语句：

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai    aj type bA    kA    bB    kB
2596  5497 6    2.0 1000.0
5496  5566 6    2.0 1000.0

过程很顺利没有报错，但是做完EM步骤后看gro发现并没有限制在我想要的距离，反而其中一个距离变大了（变到5.4A），不知道是哪里出了问题，请问需要在EM.mdp中做额外设置吗？还是说可以继续进行后续过程，还请社长不吝赐教

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-30 20:16

wang011127 发表于 2025-5-30 17:16
感谢社长回复，我还有一个小问题，我在vmd中查看了我希望限制的两组原子的序号（在vmd图形界面摁“0”然 ...

gromacs里的序号从1开始计，VMD的index从0开始计

作者
Author: wang011127 时间: 2025-5-31 03:05

sobereva 发表于 2025-5-30 20:16
gromacs里的序号从1开始计，VMD的index从0开始计

按照您的要求修改了，发现serial就是index加1，把序号更改了，但是在后续跑了EM和NVT之后小分子直接跑出蛋白了，是因为我设置的有问题吗，似乎没有限制住诶
topol文件后面加入了下面的限制语句

[ intermolecular_interactions ]
[ bonds ]
; ai    aj type bA    kA    bB    kB
2597  5498 6    3 1000.0
5497  5567 6    3 1000.0

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-31 07:54

wang011127 发表于 2025-5-31 03:05
按照您的要求修改了，发现serial就是index加1，把序号更改了，但是在后续跑了EM和NVT之后小分子直接跑出 ...

反复检查序号合理性，必须和结构文件一致

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Author: wang011127 时间: 2025-6-1 03:19
本帖最后由 wang011127 于 2025-6-1 03:21 编辑

sobereva 发表于 2025-5-31 07:54
反复检查序号合理性，必须和结构文件一致

我的gro文件里的原子序号都是没问题的，不过我在topol.top文件中是依次引入了两个小分子的itp：

; Include SUB topology
#include "SUB.itp"

; Include NDP topology
#include "NDP_2_AV.itp"

这两个itp中的原子我没有排序，即序号还是从1开始，而不是从蛋白5476后的序号开始排序，不知道这个会不会有影响呢？
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-1 09:03

wang011127 发表于 2025-6-1 03:19
我的gro文件里的原子序号都是没问题的，不过我在topol.top文件中是依次引入了两个小分子的itp：

; Inc ...

要写的序号是全局序号，和gro文件一致
每个[moleculetype]里的[atoms]本来就都是从1开始

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