计算化学公社

标题: 求助，计算两个分子之间相互作用对光谱的影响 [打印本页]

作者
Author: xjtuglr 时间: 2025-5-18 19:41
标题: 求助，计算两个分子之间相互作用对光谱的影响
本帖最后由 xjtuglr 于 2025-5-18 20:18 编辑

请问各位老师，我想计算一个EVA分子C20H30O2与一个抗氧剂1010分子C73H108O12一起对光谱会产生什么影响，参考DOI: 10.1109/TTHZ.2024.3410680上的方法进行计算，文中计算了不同茶碱与烟酰胺共晶结构对光谱的影响，通过Molclus最终获得了3中可能的结构分辨计算了光谱（体系一共36个原子），但是EVA与抗氧剂1010并不会形成共晶，共同混合后的分子间相互作用有可能对THz光谱产生影响，因此我们更想计算两个分子之间可能存在的相互作用，由于体系共有255个原子（计算资源2*7662 128核心+512GB内存）如果采用相同的方式进行使用molclus进行构象搜索会获得非常多可能的结构，计算量会非常大，这种情况下有必要对两种分子进行构象搜索吗？能否手动绘制分子模型后直接进行结构优化，对优化后的结构再计算光谱同时进行相互作用分析？或者请问一下各位老师对这种比较大比较复杂的体系应该如何进行计算？
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参考文献结构与光谱
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抗氧剂分子与EVA分子

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-5-18 20:18
算晶体的THz光谱是吗？
只考虑两个分子不行，必须要么用很大的、包含特别多分子的团簇，要么用周期性边界条件程序（如CP2K）。因为团簇大小会很大，对于当前体系应当用周期性边界条件

作者
Author: xjtuglr 时间: 2025-5-18 20:24

wzkchem5 发表于 2025-5-18 20:18
算晶体的THz光谱是吗？
只考虑两个分子不行，必须要么用很大的、包含特别多分子的团簇，要么用周期性边界 ...

谢谢老师，我们之前通过CP2K算过晶体的太赫兹光谱，与实验可以基本吻合，EVA与抗氧剂1010二者都单独算过并且与实验结果可以对的上，目前想考虑分子间相互作用对光谱的影响，目前想先获得两个分子合理的位置，然后再构建周期性的边界条件，不知道能否直接绘制两个分子直接进行结构优化，优化完成后再绘制晶胞周期重复

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-5-18 20:29

xjtuglr 发表于 2025-5-18 20:24
谢谢老师，我们之前通过CP2K算过晶体的太赫兹光谱，与实验可以基本吻合，EVA与抗氧剂1010二者都单独算过 ...

实验已知这两种物质混合的THz光谱不是两个物质各自THz光谱的简单叠加吗？
如果已知两种物质不会形成共晶的话，可能很难测出THz信号的变化

作者
Author: xjtuglr 时间: 2025-5-18 20:33

wzkchem5 发表于 2025-5-18 20:29
实验已知这两种物质混合的THz光谱不是两个物质各自THz光谱的简单叠加吗？
如果已知两种物质不会形成共晶 ...

谢谢老师，我们再补充实验看一下，因为太赫兹波对分子间弱相互作用也是敏感的，所以我们想通过理论分析证实光谱变化源于分子间弱相互作用，可能是由于之前实验两种组分的配比不对导致光谱与简单叠加还有点不一样，我们再确定一下

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Author: sobereva 时间: 2025-5-18 23:32
正确获得分子晶体的太赫兹光谱需要描述晶体里原子的集体运动模式，光拿二聚体计算毫无意义，而且算出来二聚体的红外光谱也没法拿来预测实际晶体的红外光谱是什么样。得到二聚体之后也根本没法通过简单地设个盒子当做晶体来计算，理论获得晶体结构必须通过专门的晶体结构预测算法。

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