计算化学公社

标题: gromacs+plumed使用PathCV参数求助 [打印本页]

作者
Author: SJHuang 时间: 2025-5-19 11:10
标题: gromacs+plumed使用PathCV参数求助
我的体系是蛋白质约400个氨基酸，前面通过ABMD模拟了两个状态的转变。后面想根据ABMD的轨迹构建PathCV所需的reference，后续想进行umbrella sampling

每个窗口的plumed.dat文件类似：
```
p1: PATHMSD REFERENCE=reference.pdb LAMBDA=300.0 NEIGH_STRIDE=4 NEIGH_SIZE=8
restraint: RESTRAINT ARG=p1.sss AT={at} KAPPA=200.0
PRINT ARG=* STRIDE=500 FILE=window_{at}.xvg FMT=%8.4f

```

想请问各位老师LAMBDA这个参数应该如何设置？在前期尝试过程中我发现如果设的太大容易陷入某个ref的局部最低点中，如下图所示。

作者
Author: student0618 时间: 2025-5-19 11:54
本帖最后由 student0618 于 2025-5-19 12:02 编辑

Umbrella sampling 一般都会需要有点trial and error，这个陷入local minima很常见，KAPPA可调更高。

我只用过Geometric path CV (path 的 gspath) 而不是PATHMSD，那时用的restraint(KAPPA) 试了500至2000，最后忘记用那个了。那时protocol和楼主差不多，不过是Amber跑GaMD再选两个trajectory用umbrella sampling refine FES。

作者
Author: SJHuang 时间: 2025-5-19 14:04

student0618 发表于 2025-5-19 11:54
Umbrella sampling 一般都会需要有点trial and error，这个陷入local minima很常见，KAPPA可调更高。

我 ...

感谢回答，KAPPA调高会有利于跳出local minima。因为我这里是个别的ref会有这个情况，后续会倾向于在这ref旁边再插入一帧ref。其实我主要还是对LAMBDA这个参数的调试有疑问。
我也试过用PATHMSD+WTMetaD，LAMBDA=500的时候跑一段时间后模拟会自己停下（具体原因不知道为啥，也没有报错），就是一直停在step 11636600, will finish这里。调成LAMBDA=300时又可以一直跑，想知道这个参数要如何调整，因此来询问各位老师。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)