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标题: gromacs中prm文件的作用是什么 [打印本页]

作者
Author: 肥力丝 时间: 2025-5-19 15:31
标题: gromacs中prm文件的作用是什么
请问各位老师prm文件是对力场文件的补充吗？
之前模拟的分子的prm文件内容如下
[ bondtypes ]
;    i       j  func          b0          kb

[ angletypes ]
;    i       j       k  func    theta0    ktheta       ub0       kub

[ dihedraltypes ]
;    i       j       k       l  func       phi0       kphi  mult

[ dihedraltypes ]
; 'improper' dihedrals
;    i       j       k       l  func       phi0       kphi
但是最近模拟的分子的prm文件中包含了一个二面的参数，请问这是指对于该分子ffbonded.itp中此类型的二面角数据的补充吗？？请各位老师指教
[ bondtypes ]
;    i       j  func          b0          kb

[ angletypes ]
;    i       j       k  func    theta0    ktheta       ub0       kub

[ dihedraltypes ]
;    i       j       k       l  func       phi0       kphi  mult
CG2D1 CG321 CG321 CG2O2    9    0.000000    0.836800    3

[ dihedraltypes ]
; 'improper' dihedrals
;    i       j       k       l  func       phi0       kphi

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2025-5-19 15:32
本帖最后由喵星大佬于 2025-5-19 15:34 编辑

其实就是tip文件，prm文件是NAMD的，转过来没改名字吧

作者
Author: 肥力丝 时间: 2025-5-19 15:40
本帖最后由肥力丝于 2025-5-19 15:47 编辑

喵星大佬发表于 2025-5-19 15:32
其实就是tip文件，prm文件是NAMD的，转过来没改名字吧

我是用cgenff生成的模拟分子的a.itp和a.prm文件。之前一直是根据itp文件里面的键的type到ffbonded.itp文件中读取相关的参数，prm文件没有键的信息只有列名信息，最近发现有的分子的prm会列出ffbonded.itp中没有的参数，但是手册也没找到相关说明

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-20 05:58
gromacs根本就没有所谓的prm文件，你去gromacs手册里搜prm根本什么都搜不到
极个别教程、帖子、辅助工具牵扯prm文件，那纯粹是个人行为，有问题问帖子或教程作者，这跟gromacs本身毫无直接关系

另外，产生gromacs的拓扑文件强烈建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop），这是非常主流的方式，遇到问题在本论坛也有人能回答

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