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标题: 木质素与重金属离子作用体系的力场选择问题 [打印本页]

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Author: oorangew 时间: 2025-5-19 20:06
标题: 木质素与重金属离子作用体系的力场选择问题
本帖最后由 oorangew 于 2025-7-15 10:49 编辑

各位老师好，我想做的是木质素分子和重金属离子（如铜离子、铅离子）的相互作用分析，后续还需要在基础的木质素分子上进行改性，如图所示，如加入氨基等。查阅了近段时间以来有关于木质素模拟的文章，一般用的都是Josh Vermaas的木质素CHARMM参数：DOI: 10.1039/c8gc03209b。问了作者，说不建议将该参数用于进行后续的改性木质素，因为原参数没有相关基团的参数。
木质素的结构单体与键连接方式比较复杂。所以想问一下各位老师，建议选择什么力场并如何生成后续GROMACS使用的拓扑文件呢？
木质素分子结构示例：（示例分子有近400个原子）
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-20 06:12
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）就可以，基于GAFF或GAFF2力场

作者
Author: oorangew 时间: 2025-5-20 09:29

sobereva 发表于 2025-5-20 06:12
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）就可以，基于GAFF或GAFF2力场

感谢sob老师的回复。这样的话审稿人会不会comment为什么用这个力场呢？

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-5-20 09:55

sobereva 发表于 2025-5-20 06:12
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）就可以，基于GAFF或GAFF2力场

社长，从结构上看“木质素分子和重金属离子”的相互作用应该涉及水的氧和酚的氧发生配体交换的反应过程吧，这种配位与解离的成键断键过程能用经典分子力场的MD模拟来描述么？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-21 04:05

oorangew 发表于 2025-5-20 09:29
感谢sob老师的回复。这样的话审稿人会不会comment为什么用这个力场呢？

这是极为主流、稳健的用于有机体系的力场，没什么可comment之处

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-21 04:07

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-5-20 09:55
社长，从结构上看“木质素分子和重金属离子”的相互作用应该涉及水的氧和酚的氧发生配体交换的反应过程吧 ...

除非是反应力场，否则不能

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Author: oorangew 时间: 2025-5-22 11:25

sobereva 发表于 2025-5-21 04:05
这是极为主流、稳健的用于有机体系的力场，没什么可comment之处

好的，谢谢老师！我还有个疑问，木质素的这种结构（图示分子结构有400个原子）用sobtop产生top文件的话可以指认MMFF94力场电荷吗，还是建议计算RESP电荷呢？老师另外想让我做的分子有1000＋原子，木质素的结构单元和键连接方式的复杂原因所以整个聚合物的重复的程度较小，所以如果像sobtop主页中提及的套用模型体系来计算各个单元的RESP电荷貌似不太理想。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-22 15:02

oorangew 发表于 2025-5-22 11:25
好的，谢谢老师！我还有个疑问，木质素的这种结构（图示分子结构有400个原子）用sobtop产生top文件的话可 ...

MMFF94可以勉强凑合。也可以尝试用https://molmodel.com/hg/python_DENR_charges/算电荷（我并未实际用过，只是审JCIM稿子时注意到，有问题需咨询作者），比MMFF94的静电势重现性好一些，而且也不依赖于量化计算，但质量明显不及RESP

作者
Author: oorangew 时间: 2025-5-22 21:59

sobereva 发表于 2025-5-22 15:02
MMFF94可以勉强凑合。也可以尝试用https://molmodel.com/hg/python_DENR_charges/算电荷（我并未实际用过 ...

好的，感谢sob老师的耐心解答，我先试试用MMFF94

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