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标题: gromacs拉伸变形很快，最后导致系统崩溃 [打印本页]

作者
Author: zongshu 时间: 2025-5-20 16:09
标题: gromacs拉伸变形很快，最后导致系统崩溃
本帖最后由 zongshu 于 2025-5-20 16:09 编辑

采用的力场是oplsaa.ff 第一个图是模拟前的，尺寸是12nm。第二个是拉伸20ps后的，尺寸盒子变得很大，成了几千纳米。不知道为什么变形这么快。我得代码如下
pcoupl             = Parrinello-Rahman
pcoupltype       = anisotropic
tau_p             = 1.0
ref_p             = 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0
compressibility    = 0 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5  4.5e-5
deform       = 0.001 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0  ; 沿X轴拉伸沿 x轴以 0.08 nm/ns 拉伸。
pull_pbc_ref_prev_step_com = yes
nstcalcenergy = 20

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-21 05:57
先确保不做deform设置能正常模拟

盒子尺寸显著变化的过程甭用PR压浴。用Berendsen压浴

这叫关键词或者设置，不叫“代码”

用pull_pbc_ref_prev_step_com意义不明，当前跟pull根本没关系

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