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标题: 将配体的gro文件加入pdb2gmx产生的蛋白gro文件末尾，VMD观察到配体断裂 [打印本页]

作者
Author: BerlinMou 时间: 2025-5-20 17:20
标题: 将配体的gro文件加入pdb2gmx产生的蛋白gro文件末尾，VMD观察到配体断裂
各位老师好，在使用Gromacs进行蛋白质-配体的模拟时，首先使用了Sobtop产生了配体的拓扑文件和结构文件，随后将结构文件加入到pdb2gmx产生的蛋白质结构文件的末尾，并修改了原子数，保存为complex.gro。
用VMD观察时发现：蛋白质-配体的结构文件 complex.gro 中配体的结构出现了断裂，而起初配体的结构文件（TA.gro）并无这种情况。
想请问各位老师，这是因为什么原因导致的呢？

下图是TA.gro
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下图是complex.gro，在图左侧和右侧观察到断裂，同时coloring method选择name，在右侧部分观察到未能成功着色
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-21 06:02
你编辑的gro文件的部分列都错位了。gro是固定格式文件

作者
Author: BerlinMou 时间: 2025-5-21 11:14
本帖最后由 BerlinMou 于 2025-5-21 20:05 编辑

sobereva 发表于 2025-5-21 06:02
你编辑的gro文件的部分列都错位了。gro是固定格式文件

老师，我用 Visual Studio Code 处理了一下发现配体的颜色已经能正常显示，且经过自己核对，发现：
①断裂的部分属于蛋白质最后一组赖氨酸，在VMD中使用all not protein时，这组氨基酸被认为是非氨基酸，请问老师这个是什么情况？
②还有我发现配体的键链接不是很准确，例如下图，请问您这个是否会对后续模拟有影响呢？

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-22 04:01

BerlinMou 发表于 2025-5-21 11:14
老师，我用 Visual Studio Code 处理了一下发现配体的颜色已经能正常显示，且经过自己核对，发现：
①断 ...

看下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

默认情况下VMD怎么显示的连接关系，跟你做动力学用的实际的连接关系是两码事

如果连接关系判断有问题，残基上出现了多余的或存在缺失的键，可能导致没法正常判断为蛋白质残基。也可能原子名或残基名不标准导致没法判断为蛋白质部分

作者
Author: BerlinMou 时间: 2025-5-22 14:27
本帖最后由 BerlinMou 于 2025-5-22 15:13 编辑

sobereva 发表于 2025-5-22 04:01
看下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.c ...

谢谢Sob老师！我检查了一下，我的蛋白质gro文件末尾最后一组的残基都多了一个氧原子，且命名不标准（见下图）。
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目前，我手动删除结构文件的最后一个氧原子，然后修改命名，发现已经解决了此问题。但这会使得与拓扑文件的原子数不符。
我尝试删除蛋白质pdb文件（附件）中的最后一个氧原子，用pdb2gmx -ignh 重新生成，发现他还是会默认加上两个氧原子。
想请问老师，应该怎么进一步解决这个问题呢？还是说末端这种不标准的残基我可以忽略他，不进行任何修改？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-23 06:20

BerlinMou 发表于 2025-5-22 14:27
谢谢Sob老师！我检查了一下，我的蛋白质gro文件末尾最后一组的残基都多了一个氧原子，且命名不标准（见下 ...

C端末尾的羧基本来就是两个O

作者
Author: BerlinMou 时间: 2025-5-23 08:40
本帖最后由 BerlinMou 于 2025-5-23 10:06 编辑

sobereva 发表于 2025-5-23 06:20
C端末尾的羧基本来就是两个O

脑子糊涂，忘记这回事了。现在我把最后两个氧原子重新命名成O就没问题了，感谢社长！

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