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标题: 求助：多糖的二面角的能量变化怎么求 [打印本页]

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Author: 我是猫猫大王 时间: 2025-5-20 20:01
标题: 求助：多糖的二面角的能量变化怎么求

各位老师好。多糖分子体系，共有ϕ角和φ角，目前能够根据定义得到两个角度的值，但是想要得到如文献图所示的角度对应能量变化图，应该如何作图呢？
二面角定义及想要得到的分布图以及自己做的分布图如下所示。
作图的操作步骤如下：
1.首先用脚本ermianjiao.py识别到所有的ϕ角和φ角；
2.然后计算二面角的时间序列：

# 计算Φ角

gmx angle -f traj.xtc -s topol.tpr -n dihedrals.ndx -g1 Phi -ov phi.xvg -type dihedral# 计算Ψ角gmx angle -f traj.xtc -s topol.tpr -n dihedrals.ndx -g1 Psi -ov psi.xvg -type dihedral
3.然后用脚本ermianjiaofel.py生成自由能形貌图（下图是自己做的二面角能量变化的图）（脚本都已上传）
请问老师们我这个做法对吗，如果不对，该怎么做呢？

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