计算化学公社

标题: 求助-求各位老师们分享一份GAFF2力场包用于GROMACS软件模拟 [打印本页]

作者
Author: HYUAN 时间: 2025-5-20 22:44
标题: 求助-求各位老师们分享一份GAFF2力场包用于GROMACS软件模拟
想在GROMACS中使用GAFF2力场进行有机小分子的MD模拟，但一直下载不到这个力场包，本来想从AMBER官网下载ambertools，然后从里面找GAFF2力场包，但不知道为什么下载了很多次都报错，一直没有下载成功，求老师们分享一份GAFF2立场包，或者有没有其他下载途径可以分享，感谢！

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2025-5-21 00:30
强推sobtop
sobtop已正式支持GAFF2力场 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社

作者
Author: HYUAN 时间: 2025-5-21 09:48

Seyilaxa 发表于 2025-5-21 00:30
强推sobtop
sobtop已正式支持GAFF2力场 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社

好的，谢谢老师回复。不过我还有一点疑问，就是我是不是把sobtop里面的example里面的GAFF2文件夹，复制到GROMACS软件里面的top路径下，就算是添加好了GAFF2的力场，然后就可以正常进行MD模拟吗。因为我认为的立场包里面是包含ffnobond.itp\ffbond.itp\forcefirld.itp等文件的，但sobtop里面的example里面的GAFF2文件夹包含的跟这些不一样。

作者
Author: 牧生 时间: 2025-5-21 09:58

HYUAN 发表于 2025-5-21 09:48
好的，谢谢老师回复。不过我还有一点疑问，就是我是不是把sobtop里面的example里面的GAFF2文件夹，复制到 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

好好读一下这段话

FAQ 18：sobtop里怎么用GAFF2力场？
由于目前GAFF2还没有正式发表，所以sobtop里用GAFF2目前需要按下面说的改一下。等以后GAFF2正式发表了，sobtop就会直接以GAFF2完全代替GAFF了。

先备份sobtop目录下的ATOMTYPE_GFF.DEF、bonded_param.dat、LJ_param.dat（比如可以建立个GAFF目录，把它们都挪进去）。然后把sobtop目录下的examples\GAFF2\子目录中的ATOMTYPE_GFF2.DEF、bonded_param.dat、LJ_param.dat都放到sobtop目录下，把ATOMTYPE_GFF2.DEF改名为ATOMTYPE_GFF.DEF。
注：这里的CORR_NAME_TYPE.DAT和ATOMTYPE_GFF2.DEF取自AmberTools 24，bonded_param.dat和LJ_param.dat里面的GAFF2的参数对应AmberTools 24带的GAFF2参数文件（gaff2.dat）。

然后在sobtop里照常指认GAFF原子类型和参数，就等价于指认GAFF2的原子类型和参数了。

作者
Author: KanbeKotori 时间: 2025-5-21 10:09
不，sobtop能够直接给出已写好的小分子包含一系列键和非键参数的itp文件，一般用这个就够了。这与你所想的pdb2gmx通过力场.ff那样制作top不同。当然如果你想，制作rtp也行。

用法仔细读http://sobereva.com/soft/Sobtop的Examples

作者
Author: HYUAN 时间: 2025-5-21 10:13

牧生发表于 2025-5-21 09:58
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

好好读一下这段话

好的老师，我去认真看一下

作者
Author: HYUAN 时间: 2025-5-21 10:16

KanbeKotori 发表于 2025-5-21 10:09
不，sobtop能够直接给出已写好的小分子包含一系列键和非键参数的itp文件，一般用这个就够了。这与你所想的p ...

好的，感谢老师，我懂了，直接从sobtop生成的拓扑文件就已经包含了GAFF的参数了，不需要额外在GROMACS中放置力场文件了

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