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标题: 刚编译好的Windows版GROMACS 2025.4 (2025/11/23更新) [打印本页]

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-5-21 09:19
标题: 刚编译好的Windows版GROMACS 2025.4 (2025/11/23更新)
本帖最后由 iuseroot 于 2025-11-23 23:39 编辑

更新：

2025/11/23：
更新GROMACS版本至2025.4。

2025/10/10：
升级依赖项：OpenBLAS升级为0.3.30并启用LAPACK编译，hwloc升级为2.12.2。

2025/09/03：
更新GROMACS版本至2025.3。

2025/08/03：
1. 应各位网友要求，更新了新的下载链接，有效期1个月。
2. CUDA版本提升至12.8.1，使用50系显卡的网友可以尝试能否正常运行（我没有50系显卡所以无法测试）。

基于GitHub Actions自动化编译，编译器最新版MSVC，保障与Windows的原生兼容性。

运行的操作系统：Windows 10 64-bit 或 Windows 11。
CPU要求：支持AVX2指令的x86_64 CPU （CUDA版也需要满足）。

集成了 FFTW (3.3.10) OpenBLAS (0.3.30) 和 hwloc (2.12.2)。
集成了 CHARMM36 力场（版本：July 2022）。

使用 OpenMP 并行，没有使用 MPI，因此也无需安装任何MPI库。（因为只考虑单台Windows上多线程并行，所以 OpenMP 可以完全可以满足）
没有集成 PLUMED，也没有集成 libtorch （所以 Neural Network potential 是不支持的）

CPU版本同时包含了单精度的 gmx.exe 和双精度的 gmx_d.exe 。
CUDA版本只包含单精度的 gmx.exe ，要求系统内安装了 CUDA 12.8.1 或更高版本（因此N卡驱动应该是 572.61 或更高的版本）

关于性能：
我只有一个粗略的结果，仅供参考。
CPU版本：因为MSVC的原因，Windows版显著比Linux版慢很多，所以不建议使用Windows上的CPU版。建议此处提供的CPU版仅用于测试（例如短时间运行测试自己做的tpr能不能跑起来）
CUDA版本：在Windows上原生运行的性能和在WSL中运行Linux版性能几乎一致。与原生Linux系统上运行，大约Windows原生版大约只有90%的性能（也就是说跑5天还是跑5天半的区别）。所以Windows原生的CUDA版GROMACS是完全可以接受的，特别是对于机器有限，不方便装Linux的用户而言。

CUDA版下载（需要登录GitHub账号，有效期至2025/12/22）：
（请确定系统内的CUDA版本需要是12.8.1或更高版本）

https://github.com/KaneGreen/GROMACS-Windows-Builder/actions/runs/19605702101/artifacts/4652212523
文件大小：236 MB
SHA256: fc93a8f5cfea5260f1490eacda902a1bd43f7f02daddc843862be6a440b1eb50

复制代码

CPU版下载（需要登录GitHub账号，有效期至2025/12/22）：

https://github.com/KaneGreen/GROMACS-Windows-Builder/actions/runs/19605702090/artifacts/4652298975
文件大小：22 MB
SHA256: 69b9f402c5eacf012e6c59d8d63dbda661f0d1aac2afe7d9bd19f4bdce0e10d6

复制代码

GitHub项目链接：

https://github.com/KaneGreen/GROMACS-Windows-Builder

复制代码

欢迎提出issues和PR。
Fork后自行编译的朋友请注意GitHub用户协议，请勿滥用GitHub Actions。

作者
Author: neocc 时间: 2025-5-22 15:14
请问没有plumed，colvar可以用吗

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-5-29 11:19

neocc 发表于 2025-5-22 15:14
请问没有plumed，colvar可以用吗

取决于你需不需要这两个模块的功能，不需要用到它们的话就可以用

作者
Author: 小马仙人 时间: 2025-6-2 02:03
博主，请问下50系显卡用你的gmx_cuda版本在做限制动力学模拟时出现如下问题，该怎么解决啊

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-6-5 00:06

小马仙人发表于 2025-6-2 02:03
博主，请问下50系显卡用你的gmx_cuda版本在做限制动力学模拟时出现如下问题，该怎么解决啊

根据论坛上其他的贴子，可能是我这里用的CUDA版本是12.6，而50系要求12.8
我这里没有50系显卡，我还没有测试

作者
Author: 小马仙人 时间: 2025-6-5 01:20

iuseroot 发表于 2025-6-5 00:06
根据论坛上其他的贴子，可能是我这里用的CUDA版本是12.6，而50系要求12.8
我这里没有50系显卡，我还没有 ...

谢谢啦，我在wsl里安装了最新版本的，能够成功运行了

作者
Author: loovfnd 时间: 2025-6-27 15:39
不能下载了呀。

作者
Author: 大王来何 时间: 2025-6-27 23:34
还能分享一次吗

作者
Author: jlzhang 时间: 2025-7-17 10:18
可以再次分享吗，谢谢了

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-8-3 22:12
本帖最后由 iuseroot 于 2025-8-3 22:13 编辑

loovfnd 发表于 2025-6-27 15:39
不能下载了呀。

@loovfnd @大王来何 @jlzhang
已补档

作者
Author: 大王来何 时间: 2025-8-5 10:18

iuseroot 发表于 2025-8-3 22:12
@loovfnd @大王来何 @jlzhang
已补档

收到感谢大佬

作者
Author: loovfnd 时间: 2025-8-16 11:51
百度网盘的有没有，上不去啊

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-8-16 12:31
尝试了一下 50 系显卡 14600 和 5070ti，在 windows 平台下 GPU 的占用率最大只能达到 60% 左右，gromacs2025 版本似乎对 CPU 的要求更高。之前 4080 显卡 gromacs 2024.4 同样的 cpu 的显卡利用率都是 100%，反而 cpu 的利用率只达到了 60% 左右，而且 gromacs2025 对比如虚原子等其他体系 mdrun 暂时还不支持 GPU 加速，不少情况下 GPU 的利用率只能达到 20%，WSL 同样如此，不知道以后更新会不会好一点

作者
Author: LIMINGCOMPUTER 时间: 2025-8-21 15:27
想问一下预编译版本在win系统上跑动力学结果与linux版本跑的结果差别大嘛？是否能用于科学研究呢？

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-9-3 21:37

LIMINGCOMPUTER 发表于 2025-8-21 15:27
想问一下预编译版本在win系统上跑动力学结果与linux版本跑的结果差别大嘛？是否能用于科学研究呢？

不理解为什么不行

作者
Author: zikuzi 时间: 2025-9-27 15:57
github上没了？

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-9-28 09:08

zikuzi 发表于 2025-9-27 15:57
github上没了？

需要登录GitHub账号才能下载

作者
Author: zikuzi 时间: 2025-9-28 20:44
本帖最后由 zikuzi 于 2025-9-28 20:46 编辑

iuseroot 发表于 2025-9-28 09:08
需要登录GitHub账号才能下载

我确定我登陆了，没有看到文件

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-9-29 11:31

zikuzi 发表于 2025-9-28 20:44
我确定我登陆了，没有看到文件

在Actions的结果里面。你可以叫直接用我帖子里面的链接下载。

作者
Author: cxd 时间: 2025-10-10 10:59
大佬，可以再次分享吗，感谢感谢

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-10-10 17:20

cxd 发表于 2025-10-10 10:59
大佬，可以再次分享吗，感谢感谢

已更新

作者
Author: rinz 时间: 2025-10-17 14:26
本帖最后由 rinz 于 2025-10-20 21:58 编辑

您好file:///C:/Users/14036/Desktop/%E5%BE%AE%E4%BF%A1%E5%9B%BE%E7%89%87_20251017142402.jpg 我安装了您编译好的gromacs CUDA版本配置好环境后输入gmx -version 没有任何信息这是怎么回事

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-10-20 19:37

rinz 发表于 2025-10-17 14:26
您好我安装了您编译好的gromacs CUDA版本配置好环境后输入gmx -version 没有任何信息这是怎么回事

看不到你的图片

作者
Author: rinz 时间: 2025-10-20 21:58

iuseroot 发表于 2025-10-20 19:37
看不到你的图片

你好我重新上传图片了

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-10-22 09:04

rinz 发表于 2025-10-20 21:58
你好我重新上传图片了

这个错误确实没见过。建议您看看最新的Microsoft Visual C++ Redistributable和Nvidia显卡驱动（至少572.61版）是不是安装好了

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-10-28 11:19
本帖最后由 Hanna110 于 2025-10-28 11:52 编辑

我下载了两个版本，重新设置了环境变量，命令提示符输入gmx后出现 (, 下载次数 Times of downloads: 1) ，这个情况正常吗？跟我之前2020版本的似乎不太一样

作者
Author: rinz 时间: 2025-10-29 15:40

Hanna110 发表于 2025-10-28 11:19
我下载了两个版本，重新设置了环境变量，命令提示符输入gmx后出现，这个情况正常吗？跟我之前2020版本的似 ...

你解决了吗我也是这样

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-10-31 21:31

rinz 发表于 2025-10-29 15:40
你解决了吗我也是这样

不正常，我换了电脑就正常了，最后我换linux了

作者
Author: Hell0FM 时间: 2025-11-6 16:37
您好，请问可以补档吗？上面github链接失效了，感谢

作者
Author: iuseroot 时间: 2025-11-23 23:39

Hell0FM 发表于 2025-11-6 16:37
您好，请问可以补档吗？上面github链接失效了，感谢

已更新2025.4

作者
Author: Hell0FM 时间: 2025-11-24 18:42

iuseroot 发表于 2025-11-23 23:39
已更新2025.4

谢谢，万分感谢

作者
Author: 小白菜老白菜 时间: 2025-12-9 09:04
你可真是太棒了！已经安装成功啦(๑•̀ㅂ•́)و✧

作者
Author: rootczy 时间: 2026-1-12 11:12
感谢！

作者
Author: rootczy 时间: 2026-1-12 11:13
过期了博主，能麻烦再分享下吗？

作者
Author: Nakoooo 时间: 7 day ago
求补档呜呜

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