计算化学公社

标题: Gaussian GTO基组，分子轨道归一化问题。 [打印本页]

作者
Author: I10140317 时间: 2017-3-20 17:34
标题: Gaussian GTO基组，分子轨道归一化问题。
本帖最后由 I10140317 于 2017-3-20 18:10 编辑

大家好：
最近在写一个程序，涉及到计算分子轨道间的积分<X|Y>，写了一个查看是否归一化的小程序。
流程如下，
1. 提取MO coefficient，C，按占据和非占据轨道分为MO_OCC, MO_VIR
2. 提取基函数重叠积分S。
3. 分别利用C'SC=I,输出对角元计算是否归一化。
然而，在检查输出的时候，发现在分子轨道序号小于等于Gaussian的NFC数目时，可以完成归一化，而分子轨道系数大于NFC时，并没有完成归一化，我不太清楚这两者是有什么关系还是只是巧合。
如图示（189号轨道以下为NFC以内）。并且，在测小体系时（MBASIS=62），并没有出现类似问题。

利用iop（1/33=1）,pop=full等打印出文件与提取的数据做了比较，数据提取应该没有什么问题，想知道可能是什么原因造成的。
计算归一化，用的fortran语言，S_OCC=MATMUL（MO_OCC，MATMUL(AO_OVERLAP,TRANSPOSE(MO_OCC))）。
维度为S_OCC（N_OCC, N_OCC）,MO_OCC(N_OCC, MBASIS), AO_OVERLAP(MBASIS, MBASIS)。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-21 01:24
Gaussian输出的轨道都是归一化的
最好从fch里提取轨道信息，是全精度的
你再细致检查检查，并且建议让系数矩阵的列对应各个轨道，行对应各个基函数，这样和习俗一致。
C'SC=I在Multiwfn里可以很容易地验证，在wfn.f90中的!!!--------------------- Now everything start ---------------------!!!的前头增加一句call showmatgau(matmul(matmul(transpose(CObasa),Sbas),CObasa),"test",0)，你会看到载入.fch文件后输出的矩阵是单位矩阵，非对角元的数值可忽略不计。其中CObasa是nbasis*nbasis矩阵（假定轨道数和基函数数目相同，列对应各个MO），Sbas是nbasis*nbasis尺寸的基函数间重叠矩阵。

作者
Author: I10140317 时间: 2017-3-21 08:35
本帖最后由 I10140317 于 2017-3-21 10:20 编辑

sobereva 发表于 2017-3-21 01:24
Gaussian输出的轨道都是归一化的
最好从fch里提取轨道信息，是全精度的
你再细致检查检查，并且建议让系 ...

嗯，谢谢sob老师，我是用rwfdump 524R从rwf文件里提取的数据，这样精度应该和fch里提取的数据精度是一致的。我再仔细检查检查。改成您说的习俗一致的格式试试看，谢谢了。有疑问希望可以再请教。数值是以指数形式读进去的，精度real（kind=8），会影响结果吗？另外，我尝试了您说的用Multiwfn检查，版本为3.4，linux,no_GUI,在wfn.f90里加了call showmatgau(matmul(matmul(transpose(CObasa),Sbas),CObasa),"test",0)，我直接编译后load .fch文件，会报Segment Default，是需要GUI吗？

作者
Author: niobium 时间: 2017-3-21 09:50
NFC是什么

作者
Author: I10140317 时间: 2017-3-21 09:55
本帖最后由 I10140317 于 2017-3-21 09:57 编辑

niobium 发表于 2017-3-21 09:50
NFC是什么

我计算用的是TD-CAM-B3LYP/6-31G*，会有这一项。
C:\Users\Administrator\Desktop\QQ图片20170321095424.png

作者
Author: niobium 时间: 2017-3-21 10:34
哦，是frozen core

作者
Author: niobium 时间: 2017-3-21 10:37
你只做HF，然后看看是不是归一化的呢

作者
Author: I10140317 时间: 2017-3-21 10:47
本帖最后由 I10140317 于 2017-3-21 10:51 编辑

niobium 发表于 2017-3-21 10:37
你只做HF，然后看看是不是归一化的呢

嗯嗯，我刚刚好像找到点问题所在，可能是原子轨道重叠积分提取的有问题，我再看看，谢谢了。

作者
Author: I10140317 时间: 2017-3-21 12:04

sobereva 发表于 2017-3-21 01:24
Gaussian输出的轨道都是归一化的
最好从fch里提取轨道信息，是全精度的
你再细致检查检查，并且建议让系 ...

问题已解决，但不清楚原因，我发现，之前在计算S_AO的时候，加了一个NOSYM，用这套原子轨道积分去算分子轨道积分就会出现问题。去掉之后，就是正交归一的了。

作者
Author: I10140317 时间: 2017-3-21 12:20
非常非常感谢大家的提醒和帮助。

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