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标题: 求助聚合物自组装的轨迹修复 [打印本页]

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Author: milk_q 时间: 2025-5-22 16:03
标题: 求助聚合物自组装的轨迹修复
我是10个高分子聚合物的自组装，模拟时间是200ns，在150ns左右组装体基本形成
初始的md.xtc是这样的，分子都在盒子内部但是在盒子边缘断裂，没有平动，但是RMSD出现上下大幅度波动
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下面是我的修复步骤
①gmx trjconv -s topol.tpr -f md.xtc -o step1_cluster.xtc -pbc cluster -center -n index.ndx
index.ndx选择的是10个MOL组，cluster和center都选择的10个MOL
②gmx trjconv -s topol.tpr -f md_cluster_center.xtc -o step2_mol.xtc -center -pbc mol -n index.ndx
mol和center都选择的10个MOL
得到的轨迹不同帧是这样，有剧烈的旋转和平动，使用-fit rot+trans还是一样的旋转平动
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试了-pbc nojump（使用nojump，去除周期性边界，很多分子都没有聚集到一起）、-pbc mol、-pbc cluster、-center、-fit rot+trans的很多组合都没有解决，请大佬直接指教一下，是哪里出了问题

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