计算化学公社

标题: 请教关于有机分子与锂离子的结合能与吉布斯自由能计算 [打印本页]

作者
Author: bean233 时间: 2025-5-22 22:55
标题: 请教关于有机分子与锂离子的结合能与吉布斯自由能计算
各位大佬们好，我是刚接触gaussian计算的小白，有两个问题：
1.最近根据下面的文献使用b3lyp-D3/6-311g+（d，p）的基组进行opt与freq的计算，我再对比其他文献的时候发现，有机分子在嵌入锂离子后，homo与lumo能级均增大，而我的计算结果均是减小，但是能级差确实正常的；
2.其次，我使用上面基组计算freq的结果中的吉布斯根据下面公式计算氧化还原电位的时候，发现结果更是天差地别，如果这种有机分子体系在计算吉布斯自由能时应该选择怎么样的基组？
本体结构的log文件无法上传file:///C:\Users\LENOVO\Documents\Tencent Files\992628774\Image\C2C\`VJ(~CNR$DD(QBESW]XKPXV.png (, 下载次数 Times of downloads: 74) (, 下载次数 Times of downloads: 76) (, 下载次数 Times of downloads: 75)

作者
Author: gezq 时间: 2025-5-23 00:35
其一，弥散函数不要乱用，参考http://sobereva.com/119
其二，D3校正可以考虑换成D3(BJ)
其三，在B3LYP-D3(BJ)优化的结构基础上，用m062x/def2tzvp做高精度单点能计算

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-23 07:23
“本体结构的log文件无法上传” 认真看置顶的社员必读贴，该压缩的必须压缩

6-311g+（d，p）要好好写成6-311+G(d,p)

仔细把此文看了
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-5-23 09:19
你画的地方不是Li的最优配位点吧

作者
Author: bean233 时间: 2025-5-23 11:21

gezq 发表于 2025-5-23 00:35
其一，弥散函数不要乱用，参考http://sobereva.com/119
其二，D3校正可以考虑换成D3(BJ)
其三，在B3LYP-D ...

感谢感谢，我把计算参数修改了再试试

作者
Author: bean233 时间: 2025-5-23 11:22

wzkchem5 发表于 2025-5-23 09:19
你画的地方不是Li的最优配位点吧

我是计算过静电势，按照结果找到的点位，只有羰基附近电势是负的，应该没错吧

作者
Author: bean233 时间: 2025-5-23 11:23

sobereva 发表于 2025-5-23 07:23
“本体结构的log文件无法上传” 认真看置顶的社员必读贴，该压缩的必须压缩

6-311g+（d，p）要好好写成 ...

好的好的，谢谢sob老师提醒，下次不会再犯了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-5-24 12:27

bean233 发表于 2025-5-23 11:22
我是计算过静电势，按照结果找到的点位，只有羰基附近电势是负的，应该没错吧

同等条件下，螯合比单齿配位更稳定，静电势不能判断配位到哪里可以形成螯合作用。再者你的分子也可能先脱质子再结合Li+。
该做构型搜索就做构型搜索，不要以为靠静电势判断就一定能得到正确的结果。

作者
Author: QJW 时间: 2025-7-11 23:12

wzkchem5 发表于 2025-5-24 12:27
同等条件下，螯合比单齿配位更稳定，静电势不能判断配位到哪里可以形成螯合作用。再者你的分子也可能先脱 ...

老师，怎么保证这种又有柔性分子又是团簇的体系找到的是全局最小值点呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-7-12 18:46

QJW 发表于 2025-7-11 23:12
老师，怎么保证这种又有柔性分子又是团簇的体系找到的是全局最小值点呢

不能严格保证，只能让找到全局最小值点的概率无限接近100%。
用ORCA的GOAT和DOCKER模块结合，可以解决这种既需要搜索分子内构象又需要搜索分子间构型的情形。参见https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.5c05709?ref=PDF

作者
Author: QJW 时间: 2025-7-14 16:06

wzkchem5 发表于 2025-7-12 18:46
不能严格保证，只能让找到全局最小值点的概率无限接近100%。
用ORCA的GOAT和DOCKER模块结合，可以解决这 ...

老师，请问论文里的GFN2-xTB一定要调参数吗，还有对于溶剂中的反应，怎么判断是用显式还是隐式溶剂化模型呢，辛苦老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-7-14 17:23

QJW 发表于 2025-7-14 16:06
老师，请问论文里的GFN2-xTB一定要调参数吗，还有对于溶剂中的反应，怎么判断是用显式还是隐式溶剂化模 ...

如果不调参数的话，要做好被问以下两个问题的准备：（1）GFN2-xTB描述溶剂里的锂离子，准确度如何？（2）调参所需时间是否远小于实际计算（包括后续DFT opt freq等）所需时间，如果是，为什么不花少量计算时间调参来改善精度？
如果这两个问题可以回答，就可以不调参。
和溶质的作用远强于和其他溶剂分子作用的溶剂，显式描述，包括但不限于（1）直接和金属配位的溶剂，及（2）和溶质形成强氢键的溶剂（比较弱的氢键不算数）。其他溶剂隐式描述

作者
Author: QJW 时间: 2025-7-14 20:49

wzkchem5 发表于 2025-7-14 17:23
如果不调参数的话，要做好被问以下两个问题的准备：（1）GFN2-xTB描述溶剂里的锂离子，准确度如何？（2） ...

辛苦老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)