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标题: 求助：二价铜络合物结构优化出错，铜离子紧贴磷酸根 [打印本页]

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Author: lph 时间: 2025-5-23 12:35
标题: 求助：二价铜络合物结构优化出错，铜离子紧贴磷酸根
本帖最后由 lph 于 2025-5-23 12:41 编辑

各位老师好，我采用g09对Cu2+的络合物进行结构优化，采用#p M062x/def2TZVP opt scrf=(pcm,solvent=water)级别进行计算。结构会出错，看上去类似基组或者赝势选错了，不知道是啥原因。

作者
Author: lph 时间: 2025-5-23 12:37
结构图如下

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-5-23 12:58
这俩配体似乎和DNA里面的deoxyadenosine monophosphate (dAMP)及deoxyguanosine monophosphate (dGMP)在脱氧核糖上有不同的羟基……？

M06-2X的参数是参考主族元素设计的，不适合有过渡金属的几何优化，而且初始结构并不是很好，Cu2+离配位原子都太远了。

作者
Author: lph 时间: 2025-5-23 13:03

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-5-23 12:58
这俩配体似乎和DNA里面的deoxyadenosine monophosphate (dAMP)及deoxyguanosine monophosphate (dGMP)在脱 ...

好的，多谢。我换一个泛函试一试，然后初始结构改合理一些

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Author: wzkchem5 时间: 2025-5-24 12:31
M062X对Cu不准不是本质原因，本质原因是没有对Cu做显式溶剂化

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Author: sobereva 时间: 2025-5-25 06:36

lph 发表于 2025-5-23 12:37
结构图如下

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