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标题: 已解决：用Amber修改溶剂为重水后进行QM/MM计算的问题 [打印本页]

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Author: Muby 时间: 2025-5-23 20:00
标题: 已解决：用Amber修改溶剂为重水后进行QM/MM计算的问题
本帖最后由 Muby 于 2025-5-28 15:53 编辑

我通过修改原始TIP3P为重水作为溶剂后，顺利进行了分子动力学模拟，而后，我使用该结果进行QM/MM计算，发现报错如下，我猜测是因为AMBER的QM/MM计算接口无法判断修改为重水的质量，请问有没有什么方法可以解决该问题呢？以下是我的报错提示(我此前试过没有修改原子名为H1，也更换过QM接口为gaussian和QUICK，同样都有该报错)：

  3.1 QM CALCULATION INFO
--------------------------------------------------------------------------------
Unable to correctly identify element D1
Note: element guessing does not work with Hydrogen
   Mass Repartitioning if ATOMIC_NUMBER is not
   present in the topology file

解决方法：
这个问题实质是amber的QM/MM模块对氢的质量有预先定义，sander以及sander的cuda等版本全部已经集成，而重水的氢(或者其他元素报该错误)已经超出了该质量范围，故报错。想要解决的话，需要在未编译的amber_src中重新修改qmmm_module.F90对氢的质量范围定义，并重新编译指定模块才可以解决该问题。

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