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标题: 关于将分开的双层膜合并 [打印本页]

作者
Author: meatball1982 时间: 2025-5-24 20:10
标题: 关于将分开的双层膜合并
大家好。
　　我能过Amber作的lipid双层膜的MD。
　　初始时，还是保持好的双层膜。
(, 下载次数 Times of downloads: 34)
   但模拟一段时间后，膜分开（应该是边界条件导致的）。

    (, 下载次数 Times of downloads: 38)
　　在分析的时候，我希望将分开的双层膜给合并回来。
　　我通过
　　center ":PC| :OL | :PA" origin
   image origin center ":PC| :OL | :PA"

　　我的基本思路，是通过判断lipid中P原子之间的距离以及box的尺寸，按每一帧，将lipid进行平移。
   我的问题是，有没有可能通过amber 或其它的什么工具，实现将分开的lipid合成双层膜。
　　非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-25 06:27
把盒子显示出来就知道是怎么回事了
gromacs的trjconv结合-center可以把选定的组居中，避免平移到盒子边界。也可以在模拟过程中设置磷脂部分消除整体平动避免出现这种现象

作者
Author: meatball1982 时间: 2025-5-25 09:06
谢谢sob大的回复，我尝试一下。

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