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标题: 对膜两侧的溶剂进行控温遇到一些问题 [打印本页]

作者
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lll123    时间: 2025-5-24 23:17
标题: 对膜两侧的溶剂进行控温遇到一些问题
各位老师好,我想实现对膜两侧中的水溶液进行控温(SOL 300 K),(SOL1 330 K)。遇到一些问题,没有解决。请各位大佬帮帮忙。

mdp控温参数是
tcoupl          = V-rescale                 ; More accurate thermost
tc-grps         = SOL  SOL1     ; three coupling groups - more accurate
tau_t           = 0.2  0.2              ; time constant, in ps
ref_t           = 300  330    ; reference temperature, one for each group,
可以正常生成tpr文件,但是运行tpr文件会报错
报错如下:
The [molecules] section of your topology specifies more than one block of
a [moleculetype] with a [settles] block. Only one such is allowed.
If you are trying to partition your solvent into different *groups*
(e.g. for freezing, T-coupling, etc.), you are using the wrong approach. Index
files specify groups. Otherwise, you may wish to change the least-used
block of molecules with SETTLE constraints into 3 normal constraints




作者
Author:
sobereva    时间: 2025-5-25 06:22
整个拓扑文件里只能有一处[settles]。貌似你设了两个水的moleculetype,都有[settles],所以无法模拟。不要用两个moleculetype,而应当用索引组通过序号指定两块区域的水作为不同的控温组

注意求助帖要在标题里体现目的是求助,注意看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。这次给你改了





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