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标题: 求助：如何判断某有机分子会自发解离？ [打印本页]

作者
Author: gezq 时间: 2025-5-28 00:38
标题: 求助：如何判断某有机分子会自发解离？
本帖最后由 gezq 于 2025-5-28 12:09 编辑

请教一下各位老师，如果我想知道某一有机分子，其在经过电离或者吸附一个热电子后，是否会发生自发解离：（1）可以对该分子（电离或吸附一个热电子后）进行激发态下的结构优化，看其是否存在虚频来判断该分子是否会自发解离吗？（2）进一步地，可以对该分子（电离或吸附一个热电子后）进行过渡态搜索，从而大致判断解离后的产物吗？（3）如果上述两条成立的话，可以根据自由能垒计算该反应的反应速率常数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-28 07:40
最直接的做法是跑从头算动力学（AIMD），看是否会解离、解离成什么。例如下文通过AIMD模拟了N18的自发解离
18个氮原子组成的环状分子长什么样？一篇文章全面揭示18氮环的特征！
http://sobereva.com/725（http://bbs.keinsci.com/thread-47955-1-1.html）

如果解离需要经历过渡态，也可以找解离过程的过渡态，计算解离自由能垒考察解离难易

作者
Author: gezq 时间: 2025-5-28 10:58

sobereva 发表于 2025-5-28 07:40
最直接的做法是跑从头算动力学（AIMD），看是否会解离、解离成什么。例如下文通过AIMD模拟了N18的自发解离
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好的，谢谢老师。关于第1个问题，可以通过虚频简单判断吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-5-28 12:37

gezq 发表于 2025-5-28 10:58
好的，谢谢老师。关于第1个问题，可以通过虚频简单判断吗？

不能，因为这个虚频可能对应的是分子异构化的过渡态，不是解离的过渡态

作者
Author: gezq 时间: 2025-5-28 12:55

wzkchem5 发表于 2025-5-28 12:37
不能，因为这个虚频可能对应的是分子异构化的过渡态，不是解离的过渡态

好的，那么由此又衍生出一个问题，请问我如何判断该虚频是对应的某一过渡态，还是由于收敛精度不高导致的呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-5-28 14:59

gezq 发表于 2025-5-28 12:55
好的，那么由此又衍生出一个问题，请问我如何判断该虚频是对应的某一过渡态，还是由于收敛精度不高导致的 ...

https://bdf-manual-full.readthed ... r%20Guide.html#id73

作者
Author: gezq 时间: 2025-5-28 15:16

wzkchem5 发表于 2025-5-28 14:59
https://bdf-manual-full.readthedocs.io/zh-cn/latest/User%20Guide.html#id73

好的，懂了，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-29 07:13

gezq 发表于 2025-5-28 12:55
好的，那么由此又衍生出一个问题，请问我如何判断该虚频是对应的某一过渡态，还是由于收敛精度不高导致的 ...

收敛精度问题导致的虚频普遍是数值很小的虚频。并且根据虚频振动模式可以直接判断是怎么振动的、有什么意义，很容易区分

作者
Author: gezq 时间: 2025-5-29 11:11

sobereva 发表于 2025-5-29 07:13
收敛精度问题导致的虚频普遍是数值很小的虚频。并且根据虚频振动模式可以直接判断是怎么振动的、有什么意 ...

谢谢老师

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