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标题: 求助：gromacs统计氢键的问题 [打印本页]

作者
Author: Lisy 时间: 2025-5-28 13:24
标题: 求助：gromacs统计氢键的问题
gromacs默认是统计O和H的氢键，如果我想统计体系中N原子与H原子之间的氢键数量，氢键距离分布，氢键寿命和氢键角度这些性质，应该怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-29 08:41
(, 下载次数 Times of downloads: 29)

作者
Author: Lisy 时间: 2025-5-29 14:23

sobereva 发表于 2025-5-29 08:41

卢老师，请问2018.8版本的gromacs 氢键统计也是支持N元素的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-29 17:17

Lisy 发表于 2025-5-29 14:23
卢老师，请问2018.8版本的gromacs 氢键统计也是支持N元素的吗？

不直接支持。需要折腾

作者
Author: Lisy 时间: 2025-5-29 17:36

sobereva 发表于 2025-5-29 17:17
不直接支持。需要折腾

卢老师，请问如果要能直接分析统计N和H形成的氢键的话，是不是直接下载2025版本的gromacs就可以了，命令行还是和老版本的一样吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-29 17:41

Lisy 发表于 2025-5-29 17:36
卢老师，请问如果要能直接分析统计N和H形成的氢键的话，是不是直接下载2025版本的gromacs就可以了，命令 ...

是
基本用法没区别，gmx hbond -h显示帮助一看便知

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Author: xliu97 时间: 2025-6-2 06:41
您好，请问在使用命令计算氢键之前，需要对轨迹进行pbc处理吗？比如将边界切开的分子组合

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Author: Lisy 时间: 2025-6-4 18:14

xliu97 发表于 2025-6-2 06:41
您好，请问在使用命令计算氢键之前，需要对轨迹进行pbc处理吗？比如将边界切开的分子组合

我没有做这个处理

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