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标题: 柔性扫描能量一直上升，但是有跳点，可以认为是无势垒过程吗 [打印本页]
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Author: zhibisuyusheng    时间: 2025-5-28 15:47
标题: 柔性扫描能量一直上升，但是有跳点，可以认为是无势垒过程吗
本帖最后由 zhibisuyusheng 于 2025-5-28 15:48 编辑

如题，这个过渡态生成物为碳正离子和中性噻蒽分子
求各位老师指点


作者
Author: chands    时间: 2025-5-28 16:27
你的输入长这样
  1. %mem=18GB
  2. %chk=INT0-trans-scan.chk
  3. %rwf=\home_gsx\users\nsgsx_kl1\scratch\INT0-trans-scan.rwf
  4. # opt=modredundant 6-31g(d) scrf=(smd,solvent=generic,read) em=gd3 m06

  6. Title Card Required

  8. 1 1
  9. C                  1.12384500   -1.07366200   -2.34417300
  10. C                  2.05386300   -0.14682400   -1.58120000
  11. C                  1.35242100    0.42500900   -0.35658900
  12. C                  0.84131800   -0.64985200    0.59371400
  13. C                  0.20954200   -1.83958200   -0.09423800
  14. C                  0.59597100   -2.18457800   -1.44498900
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  19. H                  1.63062100   -1.53086300   -3.20092800
  20. H                  0.10240300   -0.24167300    1.29851200
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  23. H                  0.48036100    1.01930900   -0.66826300
  24. N                  1.94826500   -1.19708000    1.44334700
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  35. C                 -3.47742600   -0.80805700   -0.56929900
  36. C                 -4.18760300   -1.80427600   -1.24303900
  37. H                 -4.12029600   -1.87227500   -2.32798700
  38. C                 -4.97147300   -2.70221700   -0.52895900
  39. C                 -5.07729500   -2.59101800    0.85519100
  40. C                 -4.39765500   -1.58371700    1.52899500
  41. H                 -2.62545800    5.10112900   -1.50177000
  42. H                 -2.50080800    2.86642700   -2.56946400
  43. H                 -2.90012100    3.23906000    2.36513300
  44. H                 -2.83111500    5.28579800    0.97148300
  45. H                 -5.51084500   -3.48455700   -1.05878700
  46. H                 -5.70152000   -3.28454300    1.41476800
  47. H                 -4.49073700   -1.48174100    2.60945700
  48. S                 -2.61866800    0.47681300    1.74907100
  49. S                 -2.38466900    0.22859000   -1.51349100
  50. C                 -0.69592500   -2.68941400    0.64941600
  51. H                 -0.64601200   -2.56550700    1.73703000
  52. H                 -1.71854300   -2.37863300    0.33056100
  53. H                 -0.62855400   -3.73911600    0.33559300
  54. O                  4.45331500   -1.45079300    0.41719000
  55. O                  4.12827300    0.39610100    1.68061400
  56. C                  4.71467600   -0.29502400    0.82101100
  57. C                  5.85424500    0.40689600    0.05545100
  58. F                  6.83879400   -0.43273300   -0.26913500
  59. F                  5.35393300    0.90289600   -1.08978200
  60. F                  6.38888800    1.42170500    0.73208000

  62. B 5 41 S 120 0.015000

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我不知道你的溶剂是什么，你的体系是一个噻蒽锍盐分解成一个中性噻蒽+碳正离子，通常噻蒽锍盐比碳正离子稳定，姑且不论这个反应是否能发生，如果有碳正离子，你的碳正离子不会和溶剂或者抗衡阴离子反应吗？

然后体系有个羧酸阴离子，起码这个阴离子的氧我认为要加弥散。
m06基本没人用了，为什么不用m06-2x?
作者
Author: zhibisuyusheng    时间: 2025-5-28 21:05
本帖最后由 zhibisuyusheng 于 2025-5-28 21:23 编辑
chands 发表于 2025-5-28 16:27
你的输入长这样

首先谢谢您的解答
我的溶剂是DCM:HFIP=4:1，这个中间体是被质谱证实的，产物是噻蒽和氢消除生成烯烃，所以目前不知道是E1消除还是E2消除，我要算的这个是E1消除的第一步，目前也不清楚碳正离子是否在我体系中存在，但是您对碳正离子是否存在提醒我了，
1.如果我算一下O负和碳正离子结合后的中间体能量下降多少，通过反证法，如果下降的多是不是可以认为碳正离子与负离子结合很有利，由于能垒太高，结合后不可逆，就不会生成我的产物，也就是说没有碳正离子生成,可以这样推论吗，
2.在这个基础上我再补一个反应液的质谱，如果没有碳正离子中间体，就可以排除E1机理
3.计算级别的话，因为在同一势能面还有铜，主要考虑到那边计算耗时问题，现在有铜的那边用M06都已经一天多才能收一次结果了，也是没有办法
4.弥散这个确实是忘记了，谢谢您的提醒，我后续加上，加弥散的话，需要全部主族元素都加吗，还是只加氧，之前我算时是都加的，有什么影响吗
作者
Author: chands    时间: 2025-5-29 11:09
zhibisuyusheng 发表于 2025-5-28 21:05
首先谢谢您的解答
我的溶剂是DCM:HFIP=4:1，这个中间体是被质谱证实的，产物是噻蒽和氢消除生成烯烃，所 ...

你可以试试。HFIP极性大但是亲核性弱，我不太确定对阳离子是否能只用隐式溶剂模型（可以加一两个溶剂分子试试）。

弥散的话可以只某几个原子的，比如CF3CO(O)的两个氧原子。



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