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标题: 求助：如何提取MD生成相里的二聚体 [打印本页]

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Author: 科研小白0126 时间: 2025-5-28 17:00
标题: 求助：如何提取MD生成相里的二聚体
各位老师好，我做了一个单一分子的体系，现在我想提取二聚体进行DFT分析，那我该如何做，我看文献里别人都是设定了接触距离和接触原子数进行筛选（这里的接触原子数是怎么定义的是在index里定义吗），类似图1，要是按照这种标准我是不是应该在index中定义分子骨干的独立组，然后通过mdanalysis，自己写脚本实现的吗，我看还有文章做了构型搜索如图2，这种是怎么办到的也是通过mdanalysis里的聚类分析实现的吗，望各位大佬能给予指导万分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-29 08:34
都靠自己写脚本实现，诸如VMD tcl脚本

循环每一对分子，计算其中每一对分子间原子间距离，结合判断条件统计各种接触方式

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-5-29 15:36

sobereva 发表于 2025-5-29 08:34
都靠自己写脚本实现，诸如VMD tcl脚本

循环每一对分子，计算其中每一对分子间原子间距离，结合判断条件 ...

原来如此，谢谢sob老师

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