计算化学公社

标题: 求助VOTCA无法读取gromacs产生的tpr拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: like_liu 时间: 2025-5-28 19:22
标题: 求助VOTCA无法读取gromacs产生的tpr拓扑文件
各位老师大家好，
最近我在进行小分子材料迁移率的计算，对于薄膜形态的小分子，目前有一些文献使用gromacs结合VOTCA软件进行计算。
在使用VOTCA软件时，需要的输入文件为gromacs的tpr文件和一个xml文件。
我在使用这个软件的过程中，遇到如下的问题，恳请各位老师赐教：

在使用官网教程中的xtp_map -t MD_FILES/topol.tpr -c MD_FILES/conf.gro -s system.xml -f state.hdf5命令来将输入文件信息载入state.hdf5时，无法读取到tpr文件。

使用的gromacs是2018版本的，VOTCA是2024版本的。
参考了帖子：求助帖：molclus使用gromacs无法产生tpr脚本 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社，还是未解决，希望可以有使用过VOTCA软件进行计算的老师来指导我，万分感谢！祝各位老师科研顺利。
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作者
Author: liuyuje714 时间: 2025-5-28 22:43
最好把输入文件压缩发上来，不然别人也没法测试。

作者
Author: like_liu 时间: 2025-5-29 20:17
本帖最后由 like_liu 于 2025-5-30 13:05 编辑

压缩包里给出了需要用到的tpr、gro、xml文件，不确定自己写的这个xml文件是否正确，感谢帮忙查看。

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