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标题: 模拟氧化铝狭缝内流体行为无法复现文献，求助氧化铝力场文件编写 [打印本页]

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Author: 方方方 时间: 2025-5-29 11:01
标题: 模拟氧化铝狭缝内流体行为无法复现文献，求助氧化铝力场文件编写
本帖最后由方方方于 2025-5-29 12:44 编辑

各位老师好，本人最近在模拟氧化铝狭缝内流体行为的时候，在计算氧化铝表面羟基取向时，得到的结果（图1）,一直和文献中（图2和图3）复现不上（得不到水平的90°角），在检查拓扑文件无误之后，也确认了并非是mdp文件中约束的问题（目前已经设置为none）。百思无果，我在想是否是因为我在写氧化铝力场参数的时候，是对单晶胞写的拓扑文件，请各位老师批评指正

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Author: sobereva 时间: 2025-5-29 12:05
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “氧化铝力场文件编写” 改了，以后务必注意！

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Author: sobereva 时间: 2025-5-29 12:07
没有结构文件或者截图，别人不知道你实际模拟的体系是什么样
倘若实际模拟的是氧化铝超胞，不可能只给gromacs提供一个单胞的itp文件

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Author: 方方方 时间: 2025-5-29 12:39

sobereva 发表于 2025-5-29 12:07
没有结构文件或者截图，别人不知道你实际模拟的体系是什么样
倘若实际模拟的是氧化铝超胞，不可能只给grom ...

谢谢sob老师，我把拓扑文件补上

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Author: 方方方 时间: 2025-5-29 12:40
不知道为啥一直说有不良信息

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Author: sobereva 时间: 2025-5-29 17:05

方方方发表于 2025-5-29 12:40
不知道为啥一直说有不良信息

当然对超胞产生
认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ16

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Author: 方方方 时间: 2025-6-9 20:30

sobereva 发表于 2025-5-29 17:05
当然对超胞产生
认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ16

谢谢sob老师，我在采取了您的意见之后，使用超胞生成itp文件，但我在分别使用Sobtop生成itp文件的时候，发现Sobtop会无法识别其中部分的Al原子。除此以外，我在翻看Sobtop产生的拓扑文件时，发现其对bond和angle的连接关系存在误判，从而导致出现了下面这个问题：

The largest distance between excluded atoms is 1.974 nm between atom 468
  and 723, which is larger than the cut-off distance. This will lead to
  missing long-range corrections in the forces and energies. If you expect
  that minimization will bring such distances within the cut-off, you can
  ignore this warning.

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Author: sobereva 时间: 2025-6-9 23:44

方方方发表于 2025-6-9 20:30
谢谢sob老师，我在采取了您的意见之后，使用超胞生成itp文件， ...

要么载入的文件有问题、记录的链接关系不正确，要么没恰当定义AT_assign.dat、没恰当定义原子类型的判据。这不叫误判，根本不是sobtop的问题

作者
Author: 方方方 时间: 2025-6-10 09:46

sobereva 发表于 2025-6-9 23:44
要么载入的文件有问题、记录的链接关系不正确，要么没恰当定义AT_assign.dat、没恰当定义原子类型的判据 ...

好的sob老师，我再回去看看

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Author: 方方方 时间: 2025-6-10 11:41

sobereva 发表于 2025-6-9 23:44
要么载入的文件有问题、记录的链接关系不正确，要么没恰当定义AT_assign.dat、没恰当定义原子类型的判据 ...

，sob老师，我回去检查了下，发现应该是我的载入文件的问题，在我载入文件中有14个铝原子，但是仅有4个铝原子被识别正确（同6个O连接），其余10个铝原子均被识别为7个键连接

我把我的结构文件（这个是通过multiwfn生成的）和在sobtop里面增加的相关内容贴在下面，不知道sob老师能否看一下哪里有问题
assign_AT.dat

$Al_Al2O3 1.575
nbond 6
element Al
$O_Al2O3 -1.05
nbond 4
element O
$Oh_Al2O3 -0.95
nbond 3
element O
$Ho_Al2O3 0.425
nbond 1
element H

复制代码

LJ_param.dat

; AL2O3-CLAYFF
Al_Al2O3 2.39723 1.3297E-06 ;Al in bulk Al2O3
O_Al2O3 1.7766 0.1555 ;O in bulk Al2O3
Oh_Al2O3 1.7766 0.1555 ;O in surface
Ho_Al2O3 0.00 0.0000 ;H in surface

复制代码

bonded_param.dat

;Al2O3
Oh_Al2O3-Ho_Al2O3 554.1348 1.000
$ANGLE
Al_Al2O3-Oh_Al2O3-Ho_Al2O3 7.5 110.0
Al_Al2O3-Oh_Al2O3-Al_Al2O3 400.0 100.0

复制代码

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Author: sobereva 时间: 2025-6-10 11:59

方方方发表于 2025-6-10 11:41
，sob老师，我回去检查了下，发现应该是我的载入文件的问题，在我载入文件中有14个铝原子，但是仅有4 ...

首先确保pdb里盒子正确，以能够正确判断出跨盒子的键
其次，如果sobtop自动根据原子距离判断的成键关系对当前体系不合理，应当自行设置bondcrit.dat文件，指定原子间距离在多少范围内被判断为成键

作者
Author: 方方方 时间: 2025-6-11 20:07

sobereva 发表于 2025-6-10 11:59
首先确保pdb里盒子正确，以能够正确判断出跨盒子的键
其次，如果sobtop自动根据原子距离判断的成键关系 ...

谢谢sob老师，这个我回去解决了，的确是出现了误判，导致Al-Al被错误判别形成了键

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