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标题: Gamess 2009年2月版编译出现错误 [打印本页]
作者
Author: rtransformation    时间: 2017-3-21 16:27
标题: Gamess 2009年2月版编译出现错误
现在编译的版本是2009年2月版，（安装最新的Gamess2016编译没有任何问题）

系统是CentOS，7.0.1406 everything

编译2009年2月这个的时候，lked gamess 0x的时候出现如下错误：

  1. Choices for some optional plug-ins are
  2.    Using qmmm.o, Tinker/SIMOMM code is not linked.
  3.    Using vbdum.o, neither VB program is linked.
  4.    Using neostb.o, Nuclear Electron Orbital code is not linked.

  6. Message passing libraries are ../ddi/libddi.a -lpthread
  7. Other libraries to be searched are /usr/lib64/atlas/libf77blas.so.3

  9. Linker messages (if any) follow...
  10. ifort: error #10236: File not found:  '/usr/lib64/atlas/libf77blas.so.3'

  12. Unfortunately, there was an error while linking GAMESS.
  13. 0.029u 0.014s 0:00.04 75.0%        0+0k 0+32io 0pf+0w
复制代码

上网上下载了atlas库，整了半天不知道咋下手安装，然后把libf77blas.so.3这文件还有链接文件都提取出来放/usr/lib64/atlas/下，
再lked，提示文件格式错误

这个一般怎么处理呢？

作者
Author: niobium    时间: 2017-3-21 22:13
好像是没有找到这个库，把库的路径写到你的bashrc里面。另外，你确定不安装可以直接用吗？查查官方的说明
作者
Author: sobereva    时间: 2017-3-21 22:28
一是确保这个文件确实在这个目录，为了确信可以ls -l /usr/lib64/atlas/libf77blas.so.3看一下
二是把这个文件加入LD_LIBRARY_PATH环境变量再试
作者
Author: rtransformation    时间: 2017-3-22 16:47
本帖最后由 rtransformation 于 2017-3-22 16:49 编辑
sobereva 发表于 2017-3-21 22:28
一是确保这个文件确实在这个目录，为了确信可以ls -l /usr/lib64/atlas/libf77blas.so.3看一下
二是把这个 ...

sob老师，后来发现系统里面的atlas版本应该是atlas-3.10.1-7.el7.x86_64
然后我从网上下载的atlas-3.10.1-7.el7.x86_64 rpm包里面就/uer/lib64/atlas下就4个文件，和我操作系统上的一样
从网上下载更新版本的rpm，比如atlas-3.10.1-10.el7.x86_64，里面虽然有libf77blas.so.3（还有好多其他的），但是没法安装，安装就提示：
  1. sudo rpm -ivh atlas-3.10.1-10.el7.x86_64.rpm
  2. 准备中...                          ################################# [100%]
  3.         file /usr/lib64/atlas/libsatlas.so.3.10 from install of atlas-3.10.1-10.el7.x86_64 conflicts with file from package atlas-3.10.1-7.el7.x86_64
  4.         file /usr/lib64/atlas/libtatlas.so.3.10 from install of atlas-3.10.1-10.el7.x86_64 conflicts with file from package atlas-3.10.1-7.el7.x86_64
复制代码
下载的atlas源代码，编译前还要关闭系统的CPU throttling什么什么的。。。弄不明白。。
作者
Author: sobereva    时间: 2017-3-22 19:05
rtransformation 发表于 2017-3-22 16:47
sob老师，后来发现系统里面的atlas版本应该是atlas-3.10.1-7.el7.x86_64
然后我从网上下载的atlas-3.10. ...


那你先用yum把当前机子里的atlas-3.10.1-7.el7.x86_64包卸掉再装atlas-3.10.1-10.el7.x86_64
作者
Author: rtransformation    时间: 2017-3-23 13:51
sobereva 发表于 2017-3-22 19:05
那你先用yum把当前机子里的atlas-3.10.1-7.el7.x86_64包卸掉再装atlas-3.10.1-10.el7.x86_64
  1. Choices for some optional plug-ins are
  2.    Using qmmm.o, Tinker/SIMOMM code is not linked.
  3.    Using vbdum.o, neither VB program is linked.
  4.    Using neostb.o, Nuclear Electron Orbital code is not linked.

  6. Message passing libraries are ../ddi/libddi.a -lpthread
  7. Other libraries to be searched are /usr/lib64/atlas/libf77blas.so.3

  9. Linker messages (if any) follow...
  10. /lib64/libgfortran.so.1：对‘atan2q’未定义的引用
  11. /lib64/libgfortran.so.1：对‘roundq’未定义的引用
  12. /lib64/libgfortran.so.1：对‘expq’未定义的引用
  13. /lib64/libgfortran.so.1：对‘clogq’未定义的引用
  14. /lib64/libgfortran.so.1：对‘csinq’未定义的引用
  15. /lib64/libgfortran.so.1：对‘truncq’未定义的引用
  16. /lib64/libgfortran.so.1：对‘csqrtq’未定义的引用
  17. /lib64/libgfortran.so.1：对‘coshq’未定义的引用
  18. /lib64/libgfortran.so.1：对‘copysignq’未定义的引用
  19. /lib64/libgfortran.so.1：对‘logq’未定义的引用
  20. /lib64/libgfortran.so.1：对‘tanq’未定义的引用
  21. /lib64/libgfortran.so.1：对‘acosq’未定义的引用
  22. /lib64/libgfortran.so.1：对‘fmodq’未定义的引用
  23. /lib64/libgfortran.so.1：对‘cosq’未定义的引用
  24. /lib64/libgfortran.so.1：对‘tanhq’未定义的引用
  25. /lib64/libgfortran.so.1：对‘atanq’未定义的引用
  26. /lib64/libgfortran.so.1：对‘cabsq’未定义的引用
  27. /lib64/libgfortran.so.1：对‘cexpq’未定义的引用
  28. /lib64/libgfortran.so.1：对‘asinq’未定义的引用
  29. /lib64/libgfortran.so.1：对‘log10q’未定义的引用
  30. /lib64/libgfortran.so.1：对‘sinq’未定义的引用
  31. /lib64/libgfortran.so.1：对‘ccosq’未定义的引用
  32. /lib64/libgfortran.so.1：对‘sqrtq’未定义的引用
  33. /lib64/libgfortran.so.1：对‘sinhq’未定义的引用

  35. Unfortunately, there was an error while linking GAMESS.
  36. 0.301u 0.218s 0:00.53 96.2%        0+0k 0+74728io 0pf+0w
复制代码
又出新问题了。。。就弄不好了。。。




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