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标题: 求助GROMACS模拟后如何绘制粗粒化与全原子的键长分布图 [打印本页]

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Author: Changtx 时间: 2025-5-30 12:18
标题: 求助GROMACS模拟后如何绘制粗粒化与全原子的键长分布图
各位老师同学好，我目前正在使用粗粒化力场模拟表面活性剂体系，想绘制一下SDS的亲水基团S以及相连的C1珠子之间的键长分布，同时全原子力场下的S原子和周围相连的O原子作为一个组，与O相连的4个C以及相关氢作为另一个组，目前绘制了粗粒化力场下的键长分布，绘制过程如下：使用粗粒化力场模拟100 ns，gmx trjconv -f nvt.xtc -o nvt_trj.xtc -pbc whole ;gmx make_ndx -f nvt.gro ;gmx distance -f nvt_trj.xtc -n index.ndx -s nvt.tpr -xvg none -oall bond1_q.xvg ; gmx analyze -f bond1_q.xvg -dist bond1_q_dist.xvg -xvg none -bw 0.001;得到bond1_q_dist.xvg文件，第一列为键长，第二列为类似概率密度。但对于全原子力场，我将上述两个组分别作为两个残基，gmx distance -f nvt_trj.xtc -n index.ndx -s nvt.tpr -select "res_com of resname C_1 plus res_com of resname SDS_1" -oall bond1_q.xvg,得到的键长在5~10nm，非常不合理。请教各位老师该如何绘制粗粒化与全原子的键长分布图，同时对于组的质心选择是否正确，应该改为别的几何中心进行计算吗，文献效果图如下图所示：

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-30 14:42
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “键长分布图绘制gromacs” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: Changtx 时间: 2025-6-5 15:49

sobereva 发表于 2025-5-30 14:42
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

不好意思，打扰社长了，下次注意。

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