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标题: 柔性扫描后得到过渡态结构不理想 [打印本页]

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Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-30 15:10
标题: 柔性扫描后得到过渡态结构不理想
本帖最后由牛肉和萝卜秧子于 2025-5-30 16:38 编辑

前辈好，我想做与这个文献反应相似的一个反应（图一），想得到过渡态结构，所以在优化后的结构基础上做了柔性扫描（输入文件输出文件已压缩上传），输出结果如图二，选取了图二里面的点做了ts，得到结果图三，虚频只有7点几；然后根据文献复现，做了非常相似的结构初猜，得到了图四（结构完全混乱，本来应该C1和C4之间有趋势，这个结果变成了c1和c3，而且这个结构很像柔性搜索最高点的下一个结构）。现在想问一下前辈们应该怎么办，除了在7.几虚频下做irc还有什么能解决的办法么？我想得到更好的虚频应该怎么做呀，现在完全没有思路了

新：图五是虚频跑的irc，完全有问题

（救命dft好难，这是个翻转的能量计算，我翻转内边计算还挺顺的，这边一步一坎儿呜呜呜呜呜）

作者
Author: chands 时间: 2025-5-30 16:24
没有输入输出文件欸

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-5-30 16:39
本帖最后由牛肉和萝卜秧子于 2025-5-30 16:46 编辑

chands 发表于 2025-5-30 16:24
没有输入输出文件欸

不好意思前辈，编辑图把压缩文件忘了，已上传

作者
Author: chands 时间: 2025-5-30 17:14
本帖最后由 chands 于 2025-5-30 17:16 编辑

牛肉和萝卜秧子发表于 2025-5-30 16:39
不好意思前辈，编辑图把压缩文件忘了，已上传

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我猜你的反应在溶液中进行？但输入里没有溶剂模型欸（？）（可能需要再带负电荷的氧附近包几个溶剂分子，即显式-隐式溶剂模型）http://sobereva.com/327 http://sobereva.com/406

基组问题，我建议带负电荷要加弥散 http://sobereva.com/119

TS可能在你选取的构象和下一个构象之间，不过我建议你先考虑上面的问题。

作者
Author: sai77 时间: 2025-5-31 21:14
没看懂图一的反应过程，过渡态羰基alfa位两个H，体系中性，怎么到了3a_int变成了负电，H也少了？
TS结构的羰基alfa位也带负电荷才对，那这就是一步逆Michael加成嘛

从你的扫描结果看，你的这个反应好像是要两步：先C-O断开，O负再攫氢
从原料扫产物不行就反过来试试，先把C-O断开的int优化出来

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-6-3 09:40

chands 发表于 2025-5-30 17:14
我猜你的反应在溶液中进行？但输入里没有溶剂模型欸（？）（可能需要再带负电荷的氧附近包几个溶剂分 ...

万分感谢前辈的回答，文献里提到是气相中反应，所以没加溶剂；我这就去看看负电荷加弥散的问题。

作者
Author: 牛肉和萝卜秧子 时间: 2025-6-3 09:47

sai77 发表于 2025-5-31 21:14
没看懂图一的反应过程，过渡态羰基alfa位两个H，体系中性，怎么到了3a_int变成了负电，H也少了？
TS结构的 ...

好的前辈！我这个脑子还真没想到反过来做一下，我去尝试一下

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