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标题: 使用gaussian计算20种氨基酸，请问可以选择哪种统一的泛函和基组 [打印本页]

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Author: 1814 时间: 2025-6-1 20:06
标题: 使用gaussian计算20种氨基酸，请问可以选择哪种统一的泛函和基组
使用gaussian计算20种氨基酸，比较同一种计算条件下，20种氨基酸的静电势、HOMO、LUMO能级的分子信息，请问可以选择哪种统一的泛函和基组？
劳烦请老师帮忙推指导一下计算指令部分

                                                                     Translator

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-1 20:07
B3LYP-D3(BJ)/def-TZVP

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Author: 1814 时间: 2025-6-1 20:08

sobereva 发表于 2025-6-1 20:07
B3LYP-D3(BJ)/def-TZVP

收到，感谢老师！

作者
Author: 1814 时间: 2025-6-1 20:28

sobereva 发表于 2025-6-1 20:07
B3LYP-D3(BJ)/def-TZVP

老师您好，可以劳烦指导修改一下下面的这个代码吗？我一跑就报错

%nprocshared=8
%mem=8GB
%chk=C:\Users\35412\Desktop\DFT\Amino Acids\Glycine\Glycine3.chk
# opt freq B3LYP-D3(BJ)/def-TZVP geom=connectivity

Glycine

0 1
C                -0.61210000 -0.81540000 0.30930000
C                0.67130000 -0.04530000 -0.05320000
O                0.75450000 1.18720000 0.18680000
H                -0.52960000 -1.19710000 1.30550000
H                -0.74550000 -1.62790000 -0.37410000
N                -1.76710000 0.09000000 0.22550000
H                -1.84410000 0.44670000 -0.70550000
H                -2.60040000 -0.41010000 0.46090000
O                1.76850000 -0.73070000 -0.66260000
H                2.35460000 -1.06650000 0.01950000

作者
Author: 2877321934 时间: 2025-6-1 20:32
本帖最后由 2877321934 于 2025-6-1 20:34 编辑

1814 发表于 2025-6-1 20:28
老师您好，可以劳烦指导修改一下下面的这个代码吗？我一跑就报错

%nprocshared=8

把geom=connectivity删了，这个对计算没有任何用处。此外不建议您把gjf文件里的内容称呼为代码，原因详见计算化学中的一些常见不良写法和用词 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元第16部分。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-1 20:39

1814 发表于 2025-6-1 20:28
老师您好，可以劳烦指导修改一下下面的这个代码吗？我一跑就报错

%nprocshared=8

关键词行应当改成
#p B3LYP/TZVP em=gd3bj opt freq scrf
其中：(1)#换成#p，输出更多信息方便监控；(2)用符合Gaussian语法的em=gd3bj写法指定D3(BJ)色散校正；(3)用Gaussian的称呼TZVP指定def-TZVP基组；(4)去掉无用的geom=connectivity关键词；(5)添加scrf以表现默认水做溶剂的IEFPCM隐式溶剂模型（取决于实际研究的环境，如果是气相那倒是可以不用）。
另外，%chk行指定的路径不宜包含空格，建议把Amino Acids改用下划线连接的Amino_Acids。

作者
Author: 1814 时间: 2025-6-1 20:39

2877321934 发表于 2025-6-1 20:32
把geom=connectivity删了，这个对计算没有任何用处。此外不建议您把gjf文件里的内容称呼为代码，原因详见 ...

好的，多谢老师的建议

作者
Author: 1814 时间: 2025-6-1 20:44

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-1 20:39
关键词行应当改成
#p B3LYP/TZVP em=gd3bj opt freq scrf
其中：(1)#换成#p，输出更多信息方便监控；(2 ...

非常感谢老师的补充与修改，以及细致的指导！！！已经正常运行啦

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-1 20:46

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-1 20:39
关键词行应当改成
#p B3LYP/TZVP em=gd3bj opt freq scrf
其中：(1)#换成#p，输出更多信息方便监控；(2 ...

嗯？TZVP默认是def2TZVP么？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-1 20:52

gezq 发表于 2025-6-1 20:46
嗯？TZVP默认是def2TZVP么？

当然不是，从Gaussian官方文档https://gaussian.com/basissets/?tabid=0可知正式名称def-TZVP的一代目老版本Ahlrichs基组写作TZVP关键词，正式名称def2-TZVP的二代目新版本Ahlrichs基组写作没有短横的def2TZVP关键词。

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-2 00:24

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-1 20:52
当然不是，从Gaussian官方文档https://gaussian.com/basissets/?tabid=0可知正式名称def-TZVP的一代目老 ...

奥，对对，看错了，社长的我看成def2tzvp了

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