计算化学公社

标题: 请教关于蛋白-小分子动力学模拟的tc-grps的设置问题 [打印本页]

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2025-6-1 20:58
标题: 请教关于蛋白-小分子动力学模拟的tc-grps的设置问题
用gromacs做蛋白-小分子动力学模拟的时候，在热浴NVT之前，需要把蛋白和小分子绑定在一起，mdp文件也要把tc-grps做相应修改，例如改成Protein_lig Water_and_ions。那么在热浴之后的NPT操作以及真正的动力学模拟过程的相应的mdp文件是否也要修改相应的tc-grps，和NVT过程保持一致?如果是使用默认的Protein Non-protein结果会有什么不同呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-1 23:33
本来做NVT这一步就是多余的，论坛里我反复说过很多次

耦合强烈的部分通常设成同一个控温组，除非配体会从蛋白质口袋中跑飞，否则控温组用Protein_lig Water_and_ions就行了

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2025-6-2 01:12

sobereva 发表于 2025-6-1 23:33
本来做NVT这一步就是多余的，论坛里我反复说过很多次

耦合强烈的部分通常设成同一个控温组，除非配体会 ...

那后面NPT, MD步骤中的mdp文件中的tc项也要改成和NVT的一样吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-2 10:58

pkuchemistry 发表于 2025-6-2 01:12
那后面NPT, MD步骤中的mdp文件中的tc项也要改成和NVT的一样吗？

都说了，根本不需要做NVT

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2025-6-2 11:41

sobereva 发表于 2025-6-2 10:58
都说了，根本不需要做NVT

不做NVT,也要做后面的NPT和后面真正的MD吧，这时候tc-grps的修改还是保持Protein_lig Water_and_ions还是默认的Protein Non-protein呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-2 17:07

pkuchemistry 发表于 2025-6-2 11:41
不做NVT,也要做后面的NPT和后面真正的MD吧，这时候tc-grps的修改还是保持Protein_lig Water_and_ions还是 ...

NPT本来就是MD中的一个系综，注意用词、描述的规范。看下文第20条
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2025-6-6 10:11

sobereva 发表于 2025-6-2 17:07
NPT本来就是MD中的一个系综，注意用词、描述的规范。看下文第20条
计算化学中的一些常见不良写法和用词
...

谢谢！

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