计算化学公社

标题: 用def2-SVP计算相互作用能报错syntax error [打印本页]

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Author: 121089576 时间: 2025-6-1 22:41
标题: 用def2-SVP计算相互作用能报错syntax error
目的是计算有机配体和Pb的相互作用能，使用b3lyp/def2-SVP基组，counterpoise=2分段。gjf附件已上传。
但是运行时（在超算平台运行）报错，显示“# opt b3lyp/def2-SVP scrf=(solvent=water) counterpoise=2 --------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# opt b3lyp/def2-SVP scrf=(solvent=water
         '
Last state= "GCL"
TCursr=    3918 LCursr=       12
Error termination via Lnk1e in /work/home/ac1ykaxvhm/apprepo/gaussian/16-hy/scripts/../app/g16/l1.exe at Sun Jun  1 21:47:16 2025.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  4.0 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1”
我自己推测可能原因：1.是我语句写错了？2.是超算平台没有def2-SVP基组导致报错？（因为g16a.03似乎没有自带def2基组）
求助大佬们帮助解答一下。

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-6-1 22:49
这个最好加上d3bj，如果配体有负电荷，还要考虑弥散。高斯里面def2没有那个杠。另外counterpoise算的话def2svp不够意思，怎么也得上到def2tzvp或者def2tzvpp

作者
Author: sai77 时间: 2025-6-1 23:08
语法错误，def2-SVP写作def2svp

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-1 23:19
硬伤太多了。基组关键词没写对只是其一

B3LYP不带色散校正根本没法优化这个，注意看下文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413

优化时候不要带着counterpoise，并且counterpoise没法直接带着隐式溶剂模型用，下文明确说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

当前情况就算纯粹是计算相互作用能，也不推荐用counterpoise，看
计算化学键键能时以counterpoise方式考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的
http://sobereva.com/381（http://bbs.keinsci.com/thread-6047-1-1.html）

而且counterpoise的片段设置根本不是那么写的，好好看前面的博文。怕不是真被坑爹的AI的回复给坑了。

而且算相互作用能用def2-SVP这么小的基组完全是开玩笑，起码对Pb和与之紧密相互作用的原子要用def2-TZVP（用ma-TZVP更好）。仔细看下文
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

此外，当前是水环境，羧基应当用质子解离状态来算。

当前的计算真是完全不堪入目，倒处都是硬伤。建议先好好学学基础再做计算：
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）
北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KEQC）

作者
Author: 121089576 时间: 2025-6-1 23:36

sobereva 发表于 2025-6-1 23:19
硬伤太多了。基组关键词没写对只是其一

B3LYP不带色散校正根本没法优化这个，注意看下文

多谢社长回复，受教了，刚接触量化计算确实好多不太懂。我看到您的博文里写到counterpoise的片段设置是在每个原子坐标后面添加编号，我这个体系较大，有100多个原子，每个手动添加编号比较繁琐，还想请教一下是否有快速的方法针对大量原子进行片段设置？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-1 23:57

121089576 发表于 2025-6-1 23:36
多谢社长回复，受教了，刚接触量化计算确实好多不太懂。我看到您的博文里写到counterpoise的片段设置是在 ...

在GaussView里定义片段后保存gjf。参考北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）幻灯片：

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