计算化学公社

标题: Gaussian柔性扫描看到的图杂乱无章，但在另一台电脑上正常显示 [打印本页]

作者
Author: AuH 时间: 2025-6-2 14:14
标题: Gaussian柔性扫描看到的图杂乱无章，但在另一台电脑上正常显示
同一份文件，图1是在我的电脑上查看的scan结果，图2是师兄电脑上查看的结果，这是什么问题啊

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-2 14:30
在用GaussView的File - Open...加载Gaussian柔性扫描输出文件时，点右下角Advanced按钮，选好文件后在弹出的窗口中切换到File Open Options栏，去掉Read Intermediate Geometries (Scans/IRCs)前面的钩。
……这是要找一个什么反应的过渡态么？

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-2 15:05
你这两个文件都不一样啊，一个是425步，一个是23步

作者
Author: AuH 时间: 2025-6-2 16:22

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-2 14:30
在用GaussView的File - Open...加载Gaussian柔性扫描输出文件时，点右下角Advanced按钮，选好文件后在弹出 ...

是的就是再找过渡态

作者
Author: AuH 时间: 2025-6-2 16:23

gezq 发表于 2025-6-2 15:05
你这两个文件都不一样啊，一个是425步，一个是23步

是一样的，你看文件名称，打开的是同一份log文件，但是在两台电脑上显示的scan结果不一样

作者
Author: AuH 时间: 2025-6-2 16:25

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-2 14:30
在用GaussView的File - Open...加载Gaussian柔性扫描输出文件时，点右下角Advanced按钮，选好文件后在弹出 ...

谢谢佬，已经解决了

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-2 16:35

AuH 发表于 2025-6-2 16:22
是的就是再找过渡态

那柔性扫描未必需要用，如果我没理解错的话应该是Ts-N=N-CHPh这么个苄位碳负离子对烯醇式乙酰丙酮的加成，此时先把成键的产物极小点优化出来，再拉长那根键直接优化过渡态，比柔性扫描方便些。

另外有这么几点不知道你有没有考虑：(1)隐式溶剂模型必须要用，要不要加显式溶剂视具体情况；(2)如果体系的阳离子是金属离子之类的，可能与两个反应物的氧氮等原子有较强配位作用并影响反应能垒，此时也必须明确把金属离子及其第一配位层的溶剂分子描述出来；(3)能夺质子产生这么个碳负离子的环境应该会有比较强的碱性，可能烯醇式乙酰丙酮的质子早就被夺去了，或者碳负离子发生的不是加成反应而是酸碱反应；(4)就算真能存在保留质子的烯醇式乙酰丙酮，其优势构型应该是成分子内氢键的六元环的样子，与图中所示不同。

作者
Author: AuH 时间: 2025-6-2 17:41

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-2 16:35
那柔性扫描未必需要用，如果我没理解错的话应该是Ts-N=N-CHPh这么个苄位碳负离子对烯醇式乙酰丙酮的加成 ...

是的，您说的完全正确，由于我是新学者，所以师姐让我暂时不用考虑溶剂，反应体系中的碱是碳酸钠，不知道能不能拔掉这个氢，按照您的意思，如果没拔去氢，最优构型应该是成分子内氢键，但是我对烯醇式的乙酰丙酮进行了opt，但是结果确实如上，请问是我opt这一步存在问题吗？如果优化的分子可能形成分子内氢键，是不是优化时需要额外的指令？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-3 10:56

AuH 发表于 2025-6-2 17:41
是的，您说的完全正确，由于我是新学者，所以师姐让我暂时不用考虑溶剂，反应体系中的碱是碳酸钠，不知道 ...

那不行，考虑和不考虑溶剂模型对应着完全不同的体系，该构建的模型、得到的结论会有定性差别，特别是当前这种离子型的反应。碳酸钠在这个溶剂里面是溶解并解离出钠离子与碳酸根，溶解但仍保持碳酸钠团簇，还是很难溶解？
乙酰丙酮是有可能被碳酸钠去掉质子变成烯醇负离子的，但也不能排除实际与[Ts-N=N-CHPh]-反应的是乙酰丙酮本身而不是乙酰丙酮的烯醇负离子，这还有酸碱平衡的问题。把乙酰丙酮优化成这个样子只能说明一开始就画得不对，在GaussView里面建模的话得调整一下二面角让两个碳氧键大致平行，这才有可能优化到形成分子内氢键的结构。当然计算的时候也得用能正确描述弱相互作用的理论方法，比如B3LYP得加D3色散校正，不过这些没有具体的输入输出文件没法进一步评论。

作者
Author: AuH 时间: 2025-6-4 10:41

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-3 10:56
那不行，考虑和不考虑溶剂模型对应着完全不同的体系，该构建的模型、得到的结论会有定性差别，特别是当前 ...

好的，我再试试

作者
Author: AuH 时间: 2025-6-4 12:15

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-2 16:35
那柔性扫描未必需要用，如果我没理解错的话应该是Ts-N=N-CHPh这么个苄位碳负离子对烯醇式乙酰丙酮的加成 ...

哥，请教您一下，我把两个反应物都优化过了，放到一个文件里，然后对这一整个体系进行opt，那么这个时候指令和单个反应物opt一样吗？负离子电荷密度和自旋多重态为-1，1 ；乙酰丙酮是0，1 那这两个反应物放一起的时候是-1 1吗？

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