计算化学公社

标题: gromacs结果的快照根据分子密度进行染色，得到heatmap [打印本页]

作者
Author: 杂算者 时间: 2025-6-2 20:33
标题: gromacs结果的快照根据分子密度进行染色，得到heatmap
如题，我想对gromacs运算后得到的某一帧结构进行后处理，我研究的是在NVT系综下，水分子在载体表面的蒸发行为，能够观察到随着模拟时间的增长，载体表面的水分子会有向盒子上方运动的趋势，水分子的密度出现稀疏之分，我在文献中看到，作者根据水分子密度进行颜色映射，进行了密度的可视化，如图所示，其中水分子低的位置用红色染色，水分子密度高的位置用蓝色染色，密度从低到高用颜色渐变体现。我尝试利用VMD的volmap功能来统计并可视化水分子密度，得到结果如下图所示，我发现整体只能体现一种颜色，我通过调整无法实现颜色体现密度高低的模式，想请教一下大家该怎么处理。
我想尝试参考sob大佬提供的ESP染色模式，但我不是很清楚我该去获得什么形式的文件来体现水分子密度的高低，例如ESP染色中根据静电势高低和正负进行染色，ESP可以使用Multiwfn获得，那我需要的这种反应密度的"ESP"该如何获得呢，恳请各位大佬指点一二！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-2 20:47
用诸如quicksurf方式显示等值面，用空间分布函数的格点数据进行着色

作者
Author: 杂算者 时间: 2025-6-2 22:29

sobereva 发表于 2025-6-2 20:47
用诸如quicksurf方式显示等值面，用空间分布函数的格点数据进行着色

谢谢sob老师，我想问问volmap给的这个数据我能用于着色嘛，如果不行，我去哪里获取空间分布函数的格点数据呢

作者
Author: 杂算者 时间: 2025-6-2 22:30
这是我的volmap的参数

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-2 23:30

杂算者发表于 2025-6-2 22:29
谢谢sob老师，我想问问volmap给的这个数据我能用于着色嘛，如果不行，我去哪里获取空间分布函数的格点数 ...

可

作者
Author: 杂算者 时间: 2025-6-3 23:13

sobereva 发表于 2025-6-2 23:30
可

sob老师，我使用了volmap生成的格点数据进行染色，格点数据范围从0-3.85，但我发现，比如使用RWB的色彩模式，我设置color scale data range跟格点数据的范围匹配，即0-3.85，此时显示的染色效果就只有蓝色，我将color scale data range换成-3.85到0则只有红色，想请教sob老师我该怎么样调整，能够在格点数据只有正值的情况下绘制出颜色渐变的热图呢

作者
Author: 杂算者 时间: 2025-6-3 23:14
这是color scale data range从0到3.85的染色效果

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-3 23:20

杂算者发表于 2025-6-3 23:13
sob老师，我使用了volmap生成的格点数据进行染色，格点数据范围从0-3.85，但我发现，比如使用RWB的色彩模 ...

不需要上、下限非得分别跟格点数据最小、最大值一致。颜色区分不出来就减小色彩刻度范围

作者
Author: 杂算者 时间: 2025-6-3 23:33

sobereva 发表于 2025-6-3 23:20
不需要上、下限非得分别跟格点数据最小、最大值一致。颜色区分不出来就减小色彩刻度范围

感谢sob老师，我再尝试一下

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