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标题: 求助:服务器跑gromacs出现盒子太小无法进行域分解的问题 [打印本页]

作者
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哇酷哇酷    时间: 2025-6-2 23:38
标题: 求助:服务器跑gromacs出现盒子太小无法进行域分解的问题
出现这个错误,我用自己电脑跑就可以(win版),放服务器就不行,我一直调小rank数重跑,但是调到2也不行,只有1才能跑,但是rank数1跑的很慢。请教一下大佬如何解决,下面是我服务器跑的脚本
Fatal error:
There is no domain decomposition for 2 ranks that is compatible with the given
box and a minimum cell size of 9.63553 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decom[attach]113863[/attach]position


作者
Author:
sobereva    时间: 2025-6-3 09:45
版本不一样没有可比性
没事甭用MPI版
倘若非得只能用一个thread-MPI,就完全用OpenMP方式并行




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