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标题: 蛋白小分子复合物MD，RMSD起始帧不唯一，图像波动很小 [打印本页]

作者
Author: clinkz 时间: 2025-6-3 20:26
标题: 蛋白小分子复合物MD，RMSD起始帧不唯一，图像波动很小
如题，使用同源建模的蛋白质进行，amber14sb立场，小分子使用sobtop处理后使用GAFF立场，运行100ns后得出结果，进行预处理的代码分别是：
gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc -n index.ndx -o md_0_10_center.xtc -center -pbc mol -ur compact（在运行前的md.mdp中并未使用）
选择pro-MOL居中，system输出
gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -o md_0_10_center_fit.xtc -fit rot+trans

选择pro-MOL居中，pro-MOL输出

输出RMSD
gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -o rmsd.xvg
# 选择Backbone for least squares fit，再次选择Backbone for output
gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -o rmsd.xvg
# 提取蛋白和配体的RMSD数据，选择Protein_MOL for least squares fit，再次选择Protein_MOL for output

输出后感觉其他数据都感觉还行，但RMSD很诡异，没有逐渐升高的感觉，并且一直波动很大，纵坐标变成0-1.5感觉还行，翻阅了论坛的一些帖子和sob老师的教程“http://sobereva.com/627”也不太清楚这个第一帧的问题，但感觉模型有点问题，目前的思路是按照老师之前帖子的建议，

1.使用VMD看看，
2.处理的时候使用-pbc cluster
3.重新跑，并且在md。mdp中规范：
comm-grps = protein
comm-mode = angular 这两行代码是sob老师建议的，是否就是“在跑之前就规范了体系不跑出盒子”

请各位老师前辈给点意见，不知道描述清楚没有，附带md.mdp

作者
Author: clinkz 时间: 2025-6-3 20:27
这是0.5-1的纵坐标RMSD，修改前的样子，更奇怪

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