计算化学公社

标题: 新人报到+被薛定谔所震惊到了 [打印本页]
作者
Author: glycosylation    时间: 2025-6-5 19:19
标题: 新人报到+被薛定谔所震惊到了
先膜拜Multiwfn以及本论坛的创始人卢天老师，给了这么好的一个论坛作为大家交流的平台。

本人是一个多年从事全合成的有机化学工作者。（从我的id可以看出，其实是做糖的合成的。）

但是对计算化学其实一直有一些兴趣，本科的时候修了量子物理和量子化学（只记得当时的课堂大作业是让我们算硫化氢的单点能了）

在后续工作中大部分相关知识已经还给老师了，不过曾经进行过一些分子动力学模拟的计算（自己瞎搞搞的，用的现成的MOE，对于原理是基本不懂，虽然可以从有机化学的角度判断一下基团相互作用，势能面啥的）

最近我们院长让系统学习一下计算化学的相关知识。一方面可能是同事做反应机理的时候可以帮忙算一下过渡态的单点能，另外可能以后会模拟一下有机小分子和蛋白质或者材料表界面相互作用的过程。

看了卢老师对自学者的建议，理论知识我就从推荐的Levine的量子化学开始学起了。

然后前面学到测不准原理的时候感觉还比较正常，下一章节薛定谔方程一出，直接把我给震惊到了！

我去！居然不是推导出来的，作为量子力学的基石的薛定谔方程，居然是假设出来的！

为什么薛定谔能那么牛逼！他是怎么能想到的薛定谔方程？！

虽然有巨人的肩膀，可以类比着做一些假设，但感觉还是很NB！

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题外问题：

最后之前为了出差（主要原因是为了续航）买了一个Macbook Pro，M4Max芯片的，看芯片自称算力还是不错的，跑LLM好像效果也不错就想着计算化学能不能用上……（我看到卢老师的Multiwfn已经很贴心地支持了M系列芯片。）

由于大部分人（包括卢老师）对于计算的软件都推荐从Gaussian开始入坑，我想问一下大佬们有没有原生支持M芯片的Gaussian 16和GaussView 6？

自己简单搜了一下官网发现Gaussian 16 C.02版本好像提到了有个 Apple M-Series Binary Version 支持M芯片，但是本论坛似乎完全没看到人讨论。而GaussView 6从官网看好像就直接不支持的？

虽然不支持问题也不大，实在不行就用Parallel Desktop模拟windows弄一下GaussView 6，然后跑以后还是去超算中心的节点上跑。（呜呜呜自己学校好像还没有，估计得买其它学校的）

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最后再次感谢卢天老师，一并提前感谢论坛的各路大神，以后向你们多多学习！
作者
Author: Graphite    时间: 2025-6-5 22:53
量子力学确实全都是假设（公设），整个系统最后一定有一些只定义不证明的东西。

系统现在而言是小问题，2025年有太多成熟跨系统的方案了。

主要问题是M系列处理器是ARM架构，这是一个麻烦，ORCA提供M系列（ARM处理器）的二进制包，VMD也是，Gromacs和Lammps都能在ARM处理器上跑。

开源软件总归有办法，不行自己改改源码/Makefile重新编译一遍。但是商业软件那只能等开发商运营商适配。
作者
Author: glycosylation    时间: 2025-6-6 08:52
Graphite 发表于 2025-6-5 22:53
量子力学确实全都是假设（公设），整个系统最后一定有一些只定义不证明的东西。

系统现在而言是小问题， ...

感谢石墨大佬的回复！

令人感觉牛逼的就是，像经典力学这种已经出现了一些例外的证据。

而虽然存在假设，但量子力学好像目前还没有找到违反规律的证据。

这是不是说明这些假设必定有其背后的深层物理意义，不过深挖这方面可能就是专业理论大佬的领域了。本菜鸡先向着简单的小分子能量计算和粗浅的分子动力学模拟去努力了。

昨天让别的学校的基友帮忙看看软件中心有没有mac版的gaussian下载，倒是下到了gaussview，不过gaussian本体没提供。

晚上下班回家后折腾了一下ORCA，倒是顺利折腾好了，hello water了一波哈哈。感恩考虑非主流机型的程序开发者们。（装的6.0.0，不过看了一下好像马上就6.1.0了，当然，问题不大，入门阶段老版本也足够足够了。）
作者
Author: Luciferly    时间: 2025-6-6 09:19
糖全合成的也可以说是一方大佬的，这东西合成分离极其恶心。不过说实话mac这东西跑量化不好用，我用虚拟机跑过Gaussian，会卡，不知道是不是我内存不太够。
作者
Author: glycosylation    时间: 2025-6-6 09:23
Luciferly 发表于 2025-6-6 09:19
糖全合成的也可以说是一方大佬的，这东西合成分离极其恶心。不过说实话mac这东西跑量化不好用，我用虚拟机 ...

是个大坑……实验周期长还不容易发好文章QAQ

分离的话做到后面保护基都脱了那可能只能上凝胶柱或者直接HPLC了……

不过最近看到做方法学的不少大佬都喜欢弄点糖的底物来展示方法普适性这样。

估计是只能跑点小东西，学习阶段在自己机子上跑一跑，后面真要算了肯定是去服务器租节点了。
作者
Author: Daniel_Arndt    时间: 2025-6-6 10:04
其实薛定谔当年这事，细究的话有生活作风问题。据说他是在与一个女伴相处时想出了薛定谔方程，也一直有人想考证出他想出薛定谔方程的那段时间跟谁在一起，但没能考证出来。

国外还有个搞笑的事情，有人上完本科之后才知道自己的奶奶还是外婆跟薛定谔有过私生子（女），自己遗传了薛定谔的基因，然后才搞清楚了为什么自己上学时总是觉得课程内容太简单。薛定谔当年的私生活相当不一般。

要算的话，肯定是先考虑工作单位有没有计算集群，没有的话就去租节点。我所在的课题组目前是同时用所在高校的集群和向一个叫什么“并行”的公司租来的节点，同时还在课题组的一个房间内放了一个GPU计算节点。
作者
Author: Luciferly    时间: 2025-6-6 18:11
glycosylation 发表于 2025-6-6 09:23
是个大坑……实验周期长还不容易发好文章QAQ

分离的话做到后面保护基都脱了那可能只能上凝胶柱或者直 ...

做过个核糖衍生物，乙酰基一拖直接板子爬不起来了
作者
Author: glycosylation    时间: 2025-6-6 18:39
Luciferly 发表于 2025-6-6 18:11
做过个核糖衍生物，乙酰基一拖直接板子爬不起来了

有时候会有一些奇奇怪怪的展开剂配比，比如说我以前做唾液酸衍生物用过的一个展开体系里有正丁醇、乙酸乙酯、醋酸和水（当然，也是参考别人的）
然后纯化就不可能过正向硅胶柱了，用的凝胶柱粗略分一下 + seppak（一种反向小柱），需要打谱的话还得制备HPLC分离得到产物。
珍爱生命，远离糖化学（bushi）
作者
Author: wcy鱼饵    时间: 2025-6-10 07:49
glycosylation 发表于 2025-6-6 08:52
感谢石墨大佬的回复！

令人感觉牛逼的就是，像经典力学这种已经出现了一些例外的证据。

我记得论坛上有一部分人使用mac做研究工作的 你可以看看 轻量的任务可以用mac去跑跑测试一下 但还是有个服务器什么的比较方便。我了解的是一些有机组都会专门买一台32核甚至64核的机器来进行量化计算。
作者
Author: glycosylation    时间: 2025-6-10 08:48
本帖最后由 glycosylation 于 2025-6-10 09:28 编辑
wcy鱼饵 发表于 2025-6-10 07:49
我记得论坛上有一部分人使用mac做研究工作的 你可以看看 轻量的任务可以用mac去跑跑测试一下 但还是有个 ...

感谢建议！
之前是参考了一下坛友的帖子：
http://bbs.keinsci.com/thread-21134-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-20798-1-1.html（等比较零散的知识，还是用linux和windows的人多，遇到软件方面的问题也好解决）
之后可以试试，也可以先用着ORCA再说……
之后有较重的计算需求了大概率是去租节点？（不知道大老板会不会想自己组服务器）
作者
Author: wcy鱼饵    时间: 2025-6-10 09:48
glycosylation 发表于 2025-6-10 08:48
感谢建议！
之前是参考了一下坛友的帖子：
http://bbs.keinsci.com/thread-21134-1-1.html

对！但是先搞清楚自己的需求 按需学习 这样子效率会高点。如果目前没有在职教职稳定的话其实时间产出成果很重要，另外就是租节点不如自己买服务器，这个论坛上也有人做了对比，曙光超算会送大概2000核时，虽然不多，但是你如果感兴趣可以注册去试一试，他那个高斯和orca也会配置好，操作来说也支持一些点鼠标的那种。但如果后期有大的需求还是自己配一台服务器很划算！
作者
Author: glycosylation    时间: 2025-6-11 08:33
wcy鱼饵 发表于 2025-6-10 09:48
对！但是先搞清楚自己的需求 按需学习 这样子效率会高点。如果目前没有在职教职稳定的话其实时间产出成果 ...

感谢宝贵的信息！
教职是有的，时间产出成果还是很重要哈哈，各种考核还有评职称的压力。
目前主课题还是有机合成相关的。计算化学的需求还是挺明确的，首先就是算一下关键反应的中间体和过渡态的能量，后面还会有分子动力学模拟（算自己做出来的小分子和材料表面的相互作用）。
要是有较大需求了大老板应该还是乐意自己组服务器的。
作者
Author: xiaowei2022    时间: 2025-6-12 15:12
先run起来，我导说，run起来是第一步，在run中学很有乐趣。
作者
Author: glycosylation    时间: 2025-6-12 23:57
本帖最后由 glycosylation 于 2025-6-12 23:59 编辑
xiaowei2022 发表于 2025-6-12 15:12
先run起来，我导说，run起来是第一步，在run中学很有乐趣。

run了个ORCA的第一步hello water！（一个水分子）
理论准备按照卢老师推荐的把Levine最基础的经典量子化学教材看完，然后就照着ORCA官方教程走走流程run run例子了。

不知道作为人生第一个量子化学计算程序不弄Gaussian弄ORCA要不要紧。（但是考虑到自己学校没买Gaussian的版权，自己的Macbook又不太好装Gaussian破解版，暂时做了这个决定。）



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