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标题: IRC曲线不够smooth [打印本页]

作者
Author: beyond 时间: 2025-6-6 05:22
标题: IRC曲线不够smooth
本帖最后由 beyond 于 2025-6-6 05:27 编辑

使用orca 6.0.1 跑一个加成反应的机理，已经跑完了minimization，frequency calculation，TS也找到了。
然后开始跑IRC，下面是输入文件：

! PBE0 def2-TZVP D3BJ RIJCOSX def2/J TIGHTSCF OptTS DefGrid2 Freq IRC
%maxcore 2048
%pal
  nprocs 32
end
%irc
  MaxIter 30
  PrintLevel 1
  Direction both
  InitHess read
  Hess_Filename "../ts.hess"
  Init_Displ DE
  Scale_Init_Displ 0.05
  DE_Init_Displ 1.0
  Scale_Displ_SD 0.05
  TolRMSG 1.0e-4
  TolMAXG 5.0e-4
  Monitor_Internals
  {B 18 21 }
  {B 4 43 }
end
end

* xyzfile 0 1 ../ts.xyz

但是跑出来的曲线不够smooth，如图

TS 在 1.9 angstrom的样子，但是，在IRC曲线中，缺少了1.7-2.1 angstrom 之间的数据点。
第一次跑的时候，用的默认参数，得到的数据点只有10个，这是第二次，修改了一些参数。。。数据点多了，60个，
但是中间区域还是少了一大部分。。。有人遇到过这样的情况吗？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-6 09:44
ORCA论坛的https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=8&t=11041一帖可能也反映了类似问题。至今ORCA也只能在笛卡尔坐标下获得MEP，无法在质权坐标下获得正宗的IRC，各step横坐标单位只是埃之类的长度单位而非质权的sqrt(amu)*bohr等单位，所以ORCA所得结果与一般概念的IRC曲线形状可能会不同。不妨按http://sobereva.com/422的指导联用Gaussian来跑IRC。

作者
Author: beyond 时间: 2025-6-6 20:42

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-6 09:44
ORCA论坛的https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=8&t=11041一帖可能也反映了类似问题。至今ORCA ...

好的，十分感谢！

作者
Author: harden 时间: 2025-7-2 10:27
师兄，你是怎么处理你跑完IRC的数据的呀，他跑完有IRC_F_trj.xyz文件，IRC_Full_trj.xyz文件以及IRC_B_trj.xyz文件，我看使用手册说F和B文件是反应向前向后的文件，但是这个FULL文件不应该是总体的吗，但是F和B文件的数据点加起来比FULL的要多，并且我们要怎么处理这些数据呀，自己导入到绘图软件里画图嘛，求师兄解答

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-7-2 11:43

harden 发表于 2025-7-2 10:27
师兄，你是怎么处理你跑完IRC的数据的呀，他跑完有IRC_F_trj.xyz文件，IRC_Full_trj.xyz文件以及IRC_B_trj. ...

数据点多可能是因为过渡态的结构同时出现在F和B的文件里
需要自己导入Origin等软件作图，但更方便的做法是从out文件获取作图所需的数据

作者
Author: harden 时间: 2025-7-2 15:45

wzkchem5 发表于 2025-7-2 11:43
数据点多可能是因为过渡态的结构同时出现在F和B的文件里
需要自己导入Origin等软件作图，但更方便的做法 ...

喔喔谢谢老师解答!我还想请教一下老师，它的IRC_Full_trj.xyz文件里面的数据都是给好的，但是一个一个点去扣数据还是太慢了，我该怎么从out文件里获取数据嘞，我暂时还没找到网上有ORCA做IRC分析的相关知识，求老师解答。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-7-3 10:31

harden 发表于 2025-7-2 15:45
喔喔谢谢老师解答!我还想请教一下老师，它的IRC_Full_trj.xyz文件里面的数据都是给好的，但是一个一个点 ...

你去看out文件，会看到一个每步的能量的表，复制进origin就行了
如果不知道在哪看，让AI替你分析，并告诉你分析的方法

作者
Author: harden 时间: 2025-7-3 20:24

wzkchem5 发表于 2025-7-3 10:31
你去看out文件，会看到一个每步的能量的表，复制进origin就行了
如果不知道在哪看，让AI替你分析，并告 ...

喔喔好的谢谢老师！

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