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标题: 求助：环肽骨架RMSD计算前的处理问题 [打印本页]

作者
Author: oillio 时间: 2025-6-6 14:13
标题: 求助：环肽骨架RMSD计算前的处理问题
老师好。请问1.通常所说的环肽骨架包不包括羧基上的O？
2.利用GROMACS计算环肽的骨架RMSD前，也需要像蛋白质一样对骨架原子消除平动和转动吗？
3.如果需要的话，利用cluster聚类要计算RMSD的组与利用-fit rot+trans消除平动转动的拟合的组必须一致吗？
感谢老师解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-7 01:53
1 不包括
2 需
3 gmx cluster算RMSD前自动就会做叠合消除整体运动

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