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标题: 求助碳基上吸附一个Pb原子的电荷密度差分图分析 [打印本页]

作者
Author: ltotorosy 时间: 2017-3-23 18:37
标题: 求助碳基上吸附一个Pb原子的电荷密度差分图分析

根据博文http://sobereva.com/113绘制碳基上吸附一个Pb原子的电荷密度差分图。

其中优化后，Pb与两个碳原子的键长如图标示，

请问大家在电荷密度差分图中，Pb标示位置与两个C之间的距离是否可以表征出键长的差异？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-23 23:09
箭头标的这个距离说明不了什么

作者
Author: ltotorosy 时间: 2017-3-23 23:46

sobereva 发表于 2017-3-23 23:09
箭头标的这个距离说明不了什么

老师，那从电荷密度差分图里可以得知有关键长的内容吗？为什么箭头标的距离会有不同呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-24 00:45
此图只能反映出结合Pb之后电子密度怎么流动、怎么极化，但是那个标注的距离，对于解释键长的不同没直接帮助

作者
Author: ltotorosy 时间: 2017-3-27 08:51

sobereva 发表于 2017-3-24 00:45
此图只能反映出结合Pb之后电子密度怎么流动、怎么极化，但是那个标注的距离，对于解释键长的不同没直接帮助

老师，那么在这个图里，黄色椭圆圈起来的部分是不是表示Pb某个轨道上电子密度的减小，蓝色椭圆部分圈起来的表示Pb某个轨道方向上的电子密度的增加？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-27 19:04

ltotorosy 发表于 2017-3-27 08:51
老师，那么在这个图里，黄色椭圆圈起来的部分是不是表示Pb某个轨道上电子密度的减小，蓝色椭圆部分圈起来 ...

只能说蓝圈对应于电子密度增加，黄圈对应电子密度降低，但不好说是Pb的“某个轨道”，因为可能牵扯多个Pb价层原子轨道，这可以用NPA分析考察各个轨道的布居数的变化

作者
Author: ltotorosy 时间: 2017-3-27 21:24

sobereva 发表于 2017-3-27 19:04
只能说蓝圈对应于电子密度增加，黄圈对应电子密度降低，但不好说是Pb的“某个轨道”，因为可能牵扯多个 ...

谢谢老师的指导

作者
Author: xxzj 时间: 2019-5-31 16:26

sobereva 发表于 2017-3-27 19:04
只能说蓝圈对应于电子密度增加，黄圈对应电子密度降低，但不好说是Pb的“某个轨道”，因为可能牵扯多个 ...

老师，我的研究方向为有机太阳能电池，然后选择卟啉类小分子材料为给体，富勒烯为受体进行界面搭建，但是无论采用CDD还是NTO都不能找到纯的CT态，所以我想问一下老师是否还有其它方法，而且我对实验上已经合成的分子进行的模拟，也没有纯的CT态，现在不知道怎么办才好，辛苦老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-1 08:57

xxzj 发表于 2019-5-31 16:26
老师，我的研究方向为有机太阳能电池，然后选择卟啉类小分子材料为给体，富勒烯为受体进行界面搭建，但是 ...

我不晓得你具体怎么找的

用Multiwfn的空穴-电子分析考察这种问题最方便靠谱，图形极其直观：
使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434（http://bbs.keinsci.com/thread-10775-1-1.html）

还可以做定量分析：
在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量
http://sobereva.com/433（http://bbs.keinsci.com/thread-10774-1-1.html）

需确保使用的级别恰当，比如CAM-B3LYP/6-311G*，并且得算出足够多的态。然后去分析每个态的特征。

作者
Author: mumuya 时间: 2022-2-14 01:59
您好，我想问问您这个含有pb元素的电荷密度差分图是怎么做的？
具体问题如下：
在每次调用Gaussian时，都出现错误，
Error: Multiwfn cannot invoke Gaussian to generate wavefunction file and sphericalize density for Pd, since its index is larger than 36! You should provide corresponding atom .wfn files in "atomwfn" folder manually.
但我已经设置好环境变量了，也在examples\atomwfn放进去了pd .wfn的文件,但还是出现上面的错误。
麻烦帮我分析分析哪里还有问题。谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-14 05:02

mumuya 发表于 2022-2-14 01:59
您好，我想问问您这个含有pb元素的电荷密度差分图是怎么做的？
具体问题如下：
在每次调用Gaussian时，都 ...

提示已经写得很明白了，此文6.2节还有中文解释
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

这种图具体叫做变形密度图，不宜叫电荷密度差分图，既省得解释具体定义又避免和其它类型密度差图混淆

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