计算化学公社

标题: sobtop计算聚合物的电荷一直显示为0 [打印本页]

作者
Author: huangzi 时间: 2025-6-6 16:24
标题: sobtop计算聚合物的电荷一直显示为0
想算各组分的gaff力场下的电荷和参数，,其他文件均已得到，使用sobtop计算所需要的聚合物的电荷时，屏幕显示聚合物内原子的电荷都为0，具体不知道怎么解决，先前用的oplsaa力场在ligpargen下使用1.14*CM1电荷，不知道是否可以这gromacs下的gaff力场下使用

作者
Author: 牧生 时间: 2025-6-6 18:30
sobtop本身不具有计算电荷的功能。

如果是分子量很高的聚合物，用sobtop调用OpenBabel计算电荷是最省事的。

作者
Author: huangzi 时间: 2025-6-6 19:50

牧生发表于 2025-6-6 18:30
sobtop本身不具有计算电荷的功能。

如果是分子量很高的聚合物，用sobtop调用OpenBabel计算电荷是最省事 ...

我是用sobtop调用OpenBabel计算电荷的，但还是显示为0

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-7 01:57

huangzi 发表于 2025-6-6 19:50
我是用sobtop调用OpenBabel计算电荷的，但还是显示为0

先说清楚聚合物是什么样的。本来MMFF94电荷对于饱和烷烃的C、H的原子电荷根据定义就都正好为0

GAFF不要结合1.14*CM1电荷。若追求严格一律用Multiwfn算RESP电荷，参看http://sobereva.com/soft/Sobtop里关于设置聚合物原子电荷的说明

作者
Author: huangzi 时间: 2025-6-8 19:14

sobereva 发表于 2025-6-7 01:57
先说清楚聚合物是什么样的。本来MMFF94电荷对于饱和烷烃的C、H的原子电荷根据定义就都正好为0

GAFF不 ...

sob老师，您好，这是我计算的聚合物的单体，计算的聚合物为10个单体，然后我又计算了pvdf-hfp的电荷也是显示为0

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-9 17:21

huangzi 发表于 2025-6-8 19:14
sob老师，您好，这是我计算的聚合物的单体，计算的聚合物为10个单体，然后我又计算了pvdf-hfp的电荷也是 ...

仔细看Multiwfn调用openbabel算MMFF94原子电荷的提示试图搞清楚情况
说不清楚就上传输入文件便于别人重复

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)