计算化学公社

标题: 分子动力学模拟使用GMX好还是DESMOND比较好？ [打印本页]

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2025-6-10 13:48
标题: 分子动力学模拟使用GMX好还是DESMOND比较好？
如题，GMX好处是可以选择amber力场，小分子和蛋白可以选择不同力场，跑的不满意还可以继续追加续跑；
Desmond学术版只能用OPLS力场，也许有大佬会挂在其它力场但是我不会……

GMX缺点是后面各种分析，都得找各种脚本，但是分析的也很肤浅，比如氢键数量变化，但是给不出哪个具体氢键。此外，其它一些相互作用也给不出。
而desmond可以非常直观的一键给出各种分析结果，也有随时间变化的各种作用力，以及作用力持续的百分比等，很直观，图也很漂亮。

所以，诸位同行，你们是用什么样软件做MD的呢？谈谈你们的看法？

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-6-10 16:00
"desmond可以非常直观的一键给出各种分析结果" 你要是追求这个你就用desmond或者薛定谔。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2025-6-10 18:53

18217265596 发表于 2025-6-10 16:00
"desmond可以非常直观的一键给出各种分析结果" 你要是追求这个你就用desmond或者薛定谔。

主要是GMX有缺陷，没法分析和周边氨基酸的具体相互作用。很难凸显出来，特别是水介导的作用。你有好的办法吗？

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-6-10 19:09

pkuchemistry 发表于 2025-6-10 18:53
主要是GMX有缺陷，没法分析和周边氨基酸的具体相互作用。很难凸显出来，特别是水介导的作用。你有好的办 ...

自己写脚本。

作者
Author: HNUST 时间: 2025-6-10 21:27
玩过desmond的告诉你别用了，只是玩具罢了。而且现在不给国人申请了，即使我以前通过申请，现在也没法进入下载页面

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-10 22:11
除非用desmond有什么功能是你必须用的，否则显然优先用gromacs。流行程度相差两个数量级
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706（http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html）

“GMX缺点是后面各种分析，都得找各种脚本” 完全没有这回事，小题大作了。gromacs自带好几十个后处理分析工具，常见的分析基本都能做，包括扩散系数、粘度、介电常数、氢键、距离与接触统计、空间分布函数等等等等。energy、trjconv、trjcat、analyze、spatial、cluster、clustersize、traj、mindist、rdf、gyrate、msd、order、hbond、angle、density、densmap、distance、pairdist、velacc、chi、do_dssp、rama、sasa、anaeig、order、rms、rmsf、dipole、helix、freevolume、h2order、mdmat等等那么多gromacs自带的后处理分析工具不应视而不见。不仅后处理分析算不上是GROMACS的缺点，自带这些分析工具，还很大程度上是GROMACS的一个优点，诸如CP2K等其它用户跑动力学后都往往借用其中部分分析工具。而专一化的小众分析通过自己写VMD tcl脚本之类的方式补充就完了，完全不是难事。

“给不出哪个具体氢键” 也完全没有这回事。gmx hbond结合-hbn直接就可以给出了哪些原子在统计的轨迹区间里形成过氢键，并且能给出氢键存在性图。看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片：

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“没法分析和周边氨基酸的具体相互作用” 根本就不是什么所谓的“缺陷”。明明GROMACS可以对配体和周围的残基之间分析氢键，比如：
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结合VMD自带的氢键插件，还可以容易地得到氢键出现概率，比如
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gromacs结合Multiwfn还可以绘制aNCI和amIGM图，直观展现动力学过程中的相互作用，看：
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591（http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html）
Tian Lu, Graphically revealing weak interactions in dynamic environments using amIGM method
预印版：ChemRxiv (2025) DOI: 10.26434/chemrxiv-2025-zts13
正式版：Structure and Bonding. Springer, Berlin, Heidelberg. DOI: 10.1007/430_2025_95

gromacs自带的distance、pairdist等工具都可以分析配体和蛋白质的作用距离、接触

而且还能结合gmx_mmpbsa做配体-蛋白相互作用的能量分解。等等等等。以上仅仅是简单罗列了GROMACS用户可以做的极少一部分分析，我想以此表达的是GROMACS用户研究配体-蛋白相互作用完全没什么困难之处，更没有什么所谓的“缺陷” 。顶多说desmond在某些分析上可能稍微便利些罢了，但这些便利在内行人眼里往往不值得一提，大多都很容易替代。仅仅为了个别后处理方面上的表面上的便利而用一个小众或非主流程序，根本不值得。

一定要谨慎评价一个程序的优缺点。强烈建议对程序有更多了解的前提下再去评判，会客观得多。
PS：只会用Windows图形界面的人，很可能会觉得Linux需要敲命令，操作“繁琐”，是“缺陷”。然而又有哪个专业人士会认为这是Linux的缺陷？

作者
Author: Graphite 时间: 2025-6-10 22:22

GMX缺点是后面各种分析，都得找各种脚本，但是分析的也很肤浅，比如氢键数量变化，但是给不出哪个具体氢键。此外，其它一些相互作用也给不出。

不说gmx带的工具，第三方脚本一大堆，自己写也不难，光能算氢键、RDF、MSD、相互作用的python库能说得上名字的就好几个。

即使自己写基于轨迹坐标、拓扑结构的算法，只要有编程经验、知道原理也容易的很。

说到底商业软件只是帮你把这些小脚本写了，然后包了一个按钮、界面而已。

不评价薛定谔公司，写一套易用的软件+服务不容易，但是得说薛定谔的主要用户是商业组织，实际操作的人很多不是计算化学背景。

但作为计算化学研究者，有太多选择了。

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-6-11 11:42
本帖最后由 wbqdssl 于 2025-6-11 11:49 编辑

我是跟着我们课题组用Desmond出家的，后来慢慢学了GMX。总体经验有几点。
1. Desmond对于新手很友好，建体系，准备蛋白，包括看三维的蛋白配体作用和相对位置和对接结果都很方便，个人感觉比VMD和pymol都好用。作图也能渲染，甚至我有时候都直接拿Maestro作图。
2.Desmond做MD的操作简单，几乎是一键式的。如果你没接触过计算机，编程这类（连cmd命令行都没用过这种），那用desmond可以让你快速做出结果。而反观GMX，虽然后期学会用了确实是强大，但对于新手很不友好。没经验的情况下去学，要花很多时间。甚至一个报错搞几个小时。所以如果你短时间内要搞出结果，那你可以用Desmond,如果你想深入研究了解MD，那有必要花时间认真学GMX，因为GMX更强大。
3. 关于你说的分析结果的方便，我很认同。desmond做完用薛定谔一分析，那图真漂亮，分析界面也是可交互的。对于GMX，就算有各种现成的脚本，但还是那句话，如果你连命令行都没用过，那你也很难把这些现成的脚本用起来。而且可以很方便的看轨迹，如果你指的水介导的作用是water bridge这类，那你可以把溶剂调出来，很直观的就看到相互作用。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2025-6-11 12:58

wbqdssl 发表于 2025-6-11 11:42
我是跟着我们课题组用Desmond出家的，后来慢慢学了GMX。总体经验有几点。
1. Desmond对于新手很友好，建体 ...

这位同学回复比较中肯，主要是现在没有人能写出来生成desmond那种漂亮图片的脚本。刚sob老师贴的吧，也是很复杂，一点不直观。

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