计算化学公社

标题: 请问IRI这样算出的算是成键了吗？ [打印本页]

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Author: 121089576 时间: 2025-6-10 20:44
标题: 请问IRI这样算出的算是成键了吗？
本帖最后由 121089576 于 2025-6-10 21:06 编辑

优化了含羰基氧和锌的结构，优化完成的原子间距为2.078埃，gaussview显示不成键。遂看了社长的关于成键判断的博文（http://sobereva.com/414），用IRI方法算出的等值面如图，羰基氧和锌之间有很薄“一层”蓝色的共价键等值面，它不像旁边的C-O之间有很明显“一根”共价键，我有点儿拿不准，请问下大佬这是成键了吗？
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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-10 20:54
请将完整结构文件上传为帖子附件以便检查。当前结构并不合理，锌离子多半不会只与一个羰基氧相互作用，必须考虑如溶剂分子等其他所有配体。

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Author: 121089576 时间: 2025-6-10 21:08

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-10 20:54
请将完整结构文件上传为帖子附件以便检查。当前结构并不合理，锌离子多半不会只与一个羰基氧相互作用，必须 ...

好的，已将优化后结构作为附件上传了。结构中的确还有其它配体，我此处目的就是想看羰基氧和锌是否能够配位。

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-10 21:35

121089576 发表于 2025-6-10 21:08
好的，已将优化后结构作为附件上传了。结构中的确还有其它配体，我此处目的就是想看羰基氧和锌是否能够配 ...

又是生物大分子吸附/结合溶液中的金属离子是吧（感叹）锌离子在水溶液中应该以[Zn(H2O)6]2+之类的水合离子形式存在，第一配位层的水分子必须作为显式溶剂放在结构里，不是隐式溶剂模型能代表的；这有机物还有一大堆羧基羟基啥的显然也能与锌配位，严格考虑所谓吸附能/结合能、想获取吸附/结合后的的结构，得按配体交换反应考虑并做构型构象搜索，这点在论坛已经有不少讨论了。单拿一个醛羰基出来问是否能配位锌意义不大，从无机配位化学来看答案当然是“能”，但也不能随便做点什么计算试图说明这种浅显的结论。

当前DFT计算的输入文件只有个genecp关键词却没有在末尾指定任何赝势与基组，实际使用的基组可能是STO-3G之类小而粗糙的玩意，结果不能使用。

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Author: 121089576 时间: 2025-6-11 12:45

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-10 21:35
又是生物大分子吸附/结合溶液中的金属离子是吧（感叹）锌离子在水溶液中应该以[Zn(H2O)6]2+之类的水合离 ...

感谢回复。
这个gif文件是我直接在.out另存出来的，gaussview不会自动保存文本，仅为展示结构，实际计算的优化文件是正确指定了赝势基组的。

多谢指点，水合离子方面确实欠考虑了，但不知如果把水合离子算作一个整体的话，是不是就只能反映出配体与水合离子之间的静电作用了？

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