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标题: 求助：关于用BOMD模块定性分析质谱 [打印本页]

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Author: gezq 时间: 2025-6-12 02:24
标题: 求助：关于用BOMD模块定性分析质谱
本帖最后由 gezq 于 2025-6-12 12:58 编辑

各位老师，我测了一个有机物的质谱，发现有一些气体产生，如果我想定性分析一下这个质谱结果，能不能按照如下方法：
1st step：先用BOMD模块在500K下让中性分子M跑10 ps（步长0.25 fs），然后根据特定间隔，选择10个构象
2nd step：让上述10个构象，电离HOMO轨道的一个电子，得到10个M+离子
3rd step：让上一步的M+离子，升温至10000K（根据公式 Tel = 20000×ax +5000，ax为0.25）进一步用BOMD计算，看一下裂解的产物

PS：按照sob老师的课件教程，一个体系跑几千个，实在是顶不住，只想定性分析一下，上述AIMD过程均在PBE0泛函下进行

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Author: sobereva 时间: 2025-6-12 05:12
说清楚确定温度的公式是哪来的

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Author: gezq 时间: 2025-6-12 11:16

sobereva 发表于 2025-6-12 05:12
说清楚确定温度的公式是哪来的

好的，老师，温度的公式来源于文献 Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 6306–6312的SI部分，如上图

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Author: sobereva 时间: 2025-6-13 02:45

gezq 发表于 2025-6-12 11:16
好的，老师，温度的公式来源于文献 Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 6306–6312的SI部分，如上图

可以。可以先这么跑跑看看情况

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-13 11:41

sobereva 发表于 2025-6-13 02:45
可以。可以先这么跑跑看看情况

好的，谢谢老师

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Author: gezq 时间: 2025-6-14 02:10
本帖最后由 gezq 于 2025-6-14 02:12 编辑

sobereva 发表于 2025-6-13 02:45
可以。可以先这么跑跑看看情况

老师，再麻烦您帮学生确定一下，我用BOMD模块设置的关键词是正确的吧。其中核的温度是500K，电子温度是10000K，使用FON以解决SCF不收敛的问题。我看了下，高级班的课件里面也没有这个，不知道将来会不会增加这部分内容

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-14 04:42

gezq 发表于 2025-6-14 02:10
老师，再麻烦您帮学生确定一下，我用BOMD模块设置的关键词是正确的吧。其中核的温度是500K，电子温度是10 ...

根本没有这种写法
temperature（你当前的temp=）关键词对BOMD计算没有丝毫影响，而且也不影响SCF=Fermi的效果。Gaussian没法做基于有限（电子）温度DFT的BOMD计算

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-14 21:24
本帖最后由 gezq 于 2025-6-15 00:08 编辑

sobereva 发表于 2025-6-14 04:42
根本没有这种写法
temperature（你当前的temp=）关键词对BOMD计算没有丝毫影响，而且也不影响SCF=Fermi ...

我又阅读了一下这篇Angew，Grimme的意思是说，电子与有机分子相互作用后，会有一部分过剩能量（impact excess energy，IEE），这个过剩的能量中一部分使电子激发，另一部分转换成振动能，其中电子从激发态转换至基态后，电子的温度可以等效为10000K（PBE0泛函），而核的等效温度则通过另一方程近似得到，但核的等效温度是远低于电子的等效温度的，我大约计算了一下，约1600K。基于此，想请教老师几个问题：（1）我的理解是否有偏差？（2）Gaussian是否支持FON技术？（3）上述BOMD中的rtemp具体指的应该是核的温度吧？（4）在我仅会Gaussian的BOMD模块计算的情况下，我应当如何选择合适的温度？（5）或者，我能不能这样来计算，即：我在升温核等效温度的同时，让电子保持在激发态，这样就避免了引入电子的等效温度，即只考虑振动激发态的内转换，却选择性不考虑电子内转换（此处应当需要计算激发态的寿命）。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-15 05:14

gezq 发表于 2025-6-14 21:24
我又阅读了一下这篇Angew，Grimme的意思是说，电子与有机分子相互作用后，会有一部分过剩能量（impact ex ...

1 无
2 不支持
3 核的温度
4 北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）“从头算分子动力学”部分超级详细讲了怎么用ORCA做AIMD，没必要拘泥于Gaussian。本来就算不牵扯FON的事，我也更推荐用ORCA跑AIMD

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-16 16:36

sobereva 发表于 2025-6-15 05:14
1 无
2 不支持
3 核的温度

好的老师。那请问能不能用这么一个方法，即我考虑该分子发生内转换，S1态内转换回基态的能量转换成核的动能，然后根据核动能和温度的关系T=2K/KB(3N-Nc)，得到一个温度，再加上质谱模拟中初始的温度500K，得到AIMD模拟的核的初始温度，再进行动力学计算（按照甲醛的光解离那个思路，只不过不用过渡态结构）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-17 06:26

gezq 发表于 2025-6-16 16:36
好的老师。那请问能不能用这么一个方法，即我考虑该分子发生内转换，S1态内转换回基态的能量转换成核的动 ...

直接在ORCA里设电子温度跑动力学就完了。没必要这样。被被人质疑起来也没文献支撑

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Author: gezq 时间: 2025-6-17 10:56
本帖最后由 gezq 于 2025-6-17 11:15 编辑

sobereva 发表于 2025-6-17 06:26
直接在ORCA里设电子温度跑动力学就完了。没必要这样。被被人质疑起来也没文献支撑

老师，是这么一个情况，之所以反复折腾，是因为我的入射电子能量并不是70 eV，只是模仿质谱的思路来做。Grimme的paper中电子温度的设定只与泛函有关，且电子温度的设定似乎只是为了用FON技术解决SCF不收敛的问题，他那个核真正的动能应该就是过剩能量IEE分配的0.6 eV/原子（预设值，也是一个经验值）。Grimme的意思应该是用缓慢升温代替这个内转换过程（模拟升温的时间尺度在0.3-5 ps内，模拟内转换这一真实过程，如下图），直到核的动能达到预设值，即目标温度（等效过程）。我上述那个方法真正的问题，应该是出在了设定预设温度，没有体现缓慢升温，使得分子过早地解离。

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