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标题: 一种管理分子结构的方案 [打印本页]

作者
Author: wxyhgk 时间: 2025-6-12 14:56
标题: 一种管理分子结构的方案
本帖最后由 wxyhgk 于 2025-6-12 15:01 编辑

说明：

本文由 ChatGPT，Claude 辅助完成

1.引言

作为一名企业的量子化学计算研究员，我在日常工作中不仅参与公司项目，还积累了超过一千个分子的结构数据，这些分子有些来自项目任务，有些则是我从文献或专利中整理保存的目标分子。

我通常将这些分子的三维几何坐标保存在对应的输入或输出文件中，并以任务编号或分子名称进行分类，存放在不同的文件夹里。

然而，每当我需要查看某个分子的三维结构，或向老师、同事、领导演示时，就不得不先翻阅文档查找文件名，再到文件系统中定位文件，最后通过 Gaussian View 或其他可视化软件加载。

这一系列流程在面对上千个分子时，不仅耗时繁琐，还频繁打断我的分析思路，严重影响了工作效率，这个问题相信很多做计算化学或材料模拟的朋友都会遇到。

我们当然可以通过截图或保存图片的方式来记录分子结构，但对于构型复杂、具有明显立体效应的分子，仅靠图片往往无法准确传达其三维特征。

由于我平时主力使用的是 Notion 笔记软件，曾尝试借助 Notion 的 database 功能来存储分子的图片和坐标，并通过 iframe 插入显示 3D 分子结构。

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然而这种方式存在不少问题：每次都要手动生成 iframe 代码、复制粘贴地址，而且还需要自己搭建网页服务来提供 API 支持，整体上门槛较高，维护起来也很麻烦，不适合长期推广。

后来我发现 思源笔记 支持自定义 widgets，其实本质上也是在笔记中嵌入 HTML iframe，但优点是部署门槛更低，不需要搭建独立网站或服务，以及可以将数据存储到本地。这让我可以更轻松地实现分子结构的可视化嵌入，极大简化了展示流程。

具体效果如下图所示：

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2. widgets 安装方法

首先去到思源笔记官网下载软件 [https://b3log.org/siyuan/download.html]

下载并安装完成后，打开思源笔记，新建任意一个文档，然后**右键 → 打开 → 打开文件位置**，即可定位到当前资源文件夹。

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你会在路径中看到一个名为 `data` 的文件夹：

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点击进入 `data` 文件夹，继续找到 `widgets` 文件夹：

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接下来，将我提供的 widgets 插件压缩包（`chemview.7z`）**解压缩**后，整个文件夹复制到这个 widgets 目录下即可：

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完成后，回到思源笔记编辑页面，按下键盘 `/` 键，即可呼出插入组件菜单，你会看到如下内容：

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选择这个即可

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3. 功能介绍
这个挂件支持以下常规操作：

- 分子结构的缩放、旋转、平移
- 窗口自由放大缩小
- 支持直接输入或粘贴 Gaussian / ORCA 输入文件或文本

无需任何其他可视化软件，只要通过挂件就能一键查看分子结构，可谓“开箱即用”。

功能布局也非常直观，一眼就能看明白：

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编辑分子部分，操作如下

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锁定当前视图这个功能尤其实用：

我们在整理笔记或做展示文档时，常常希望3D结构图和分子的平面图的角度固定，避免每次重新打开都要手动调整。启用 **锁定当前视图** 后，无论何时打开，都会保持你设定的角度

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4. 缺点

因为是用 iframe 嵌入的方式，所以后续如果修改了代码，原有视图不会自动更新，想要替换的话还得自己写代码手动调整。

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